计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 分子模拟 (Molecular Modeling) › 求助：执行msd命令遇到standard library logic error

求助：执行msd命令遇到standard library logic error

查看数: 2094 | 评论数: 6 | 收藏 Add to favorites 0

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

帖子模式

atu5257

发布时间: 2023-3-1 18:09

正文摘要:

我做锂离子电池电解液模拟，执行msd命令时遇到下图的错误： Standard library logic error (bug): (exception type: St12length_error) vector::_M_default_append 我用的是ubuntu22.04LTS系统，新装的Gromacs20 ...

回复 Reply

wanzongliang 发表于 Post on 2024-3-6 19:58:04

snljty2 发表于 2024-1-5 14:26
嗯嗯，我这边之前跑2019的版本也没问题，基本是>=2022系列就有这个问题了，之前也看到一个issue说轨迹记 ...

1ps以上也是不行的，刚试过

snljty2 发表于 Post on 2024-1-5 14:26:16

丁越发表于 2024-1-4 22:10
是软件bug。我测试的2018.8，2021.7，2021.3都没这个问题，最新的版本2023.3这个bug都没有修复

htt ...

嗯嗯，我这边之前跑2019的版本也没问题，基本是>=2022系列就有这个问题了，之前也看到一个issue说轨迹记录步长超过1 ps好像就没问题，但是有些时候比如用Gromacs计算别的软件AIMD跑出的数据的时候，甚至是1 fs的步长，那就只能用老版本了

丁越 发表于 Post on 2024-1-4 22:10:50

本帖最后由丁越于 2024-1-5 09:00 编辑

snljty2 发表于 2024-1-4 17:22
大概率是软件bug，用2021版本没问题，2022和2023都遇到过这个问题。换旧版算吧。

是软件bug。我测试的2018.8，2021.7，2021.3都没这个问题，最新的版本2023.3这个bug都没有修复

https://gitlab.com/gromacs/gromacs/-/issues/4694

snljty2 发表于 Post on 2024-1-4 17:22:53

xwwjd 发表于 2024-1-4 16:56
我也遇到这个问题了，请问解决了吗

大概率是软件bug，用2021版本没问题，2022和2023都遇到过这个问题。换旧版算吧。

xwwjd 发表于 Post on 2024-1-4 16:56:31

我也遇到这个问题了，请问解决了吗

manozzz 发表于 Post on 2023-5-18 15:07:22

你好，我也遇到了相同的问题，请问你解决了吗？

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register