sobereva 发表于 2024-11-8 21:35
可以勉强算进AIMD或者FPMD（first-principle molecular dynamics）
虽然语义没那么严格，但大家都知道是 ...

谢谢老师

whutzty 发表于 2024-11-7 00:27
sob老师您好，我是想为基于GFN1-xTB的分子动力学还可以称为aimd么，我之前做aimd都是用vasp跑的，像这种 ...

可以勉强算进AIMD或者FPMD（first-principle molecular dynamics）
虽然语义没那么严格，但大家都知道是怎么回事

sobereva 发表于 2023-3-2 06:09
测试并行效率问题必须体系足够大。对于GFN1-xTB而言，当前体系仍然不够大。PS：CP2K开发者都用GFN1-xTB跑了 ...

sob老师您好，我是想为基于GFN1-xTB的分子动力学还可以称为aimd么，我之前做aimd都是用vasp跑的，像这种半经验方法跑md虽然可以处理上千原子级别，我在文章中描述的话是aimd还是md呢

moonlight2690 发表于 2024-1-12 16:02
sob老师，增大水分子个数到几千个，模拟出的水的密度会合理吗？

不是水分子数的事，是GFN1-xTB对凝聚相中水之间相互作用描述本身的问题
单纯说模拟密度做MD至少用的水分子数，200多个就足够了

一般的体系比如<1000原子的结构 跑半经验方法，最适合在单/双核上跑，毕竟HS矩阵很小的（矩阵维度就几千附近） 核数多了加速比很差很自然的， 用多了都时浪费

sobereva 发表于 2023-3-2 06:09
测试并行效率问题必须体系足够大。对于GFN1-xTB而言，当前体系仍然不够大。PS：CP2K开发者都用GFN1-xTB跑了 ...

sob老师，增大水分子个数到几千个，模拟出的水的密度会合理吗？

请问CP2K中基于xtb方法做md能否实现gpu加速。我看原生xtb已经支持了gpu加速，但原生xtb没有pbc，官方推荐算pbc去dftb+，那个程序又没有sob老师写的友好的cp2k输入文件生成程序。所以想用cp2k的xtb跑长时程的pbc的md，要是能得到gpu加速那就太棒了。

测试并行效率问题必须体系足够大。对于GFN1-xTB而言，当前体系仍然不够大。PS：CP2K开发者都用GFN1-xTB跑了上亿原子的AIMD模拟 （Parallel Computing 111 (2022) 102920）
当体系规模不够大的时候，核给得过多反倒可能有害无益，这一点在xtb程序里也是一样的
另外，应当对比MPI并行和MPI+OpenMP混合并行，有可能对于后者反倒效率更高

如果要跑的体系本来就小，建议用核少但是单核性能高的机子跑，比如7950X。如果只有核多但单核性能一般的服务器，建议同时跑多个任务，并且按下文说的对任务和核心进行绑定
通过设置CPU内核绑定降低ORCA同时做多任务的耗时
http://sobereva.com/553（http://bbs.keinsci.com/thread-17751-1-1.html）