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分子在结构优化完以后与实际不符

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发布时间: 2023-3-3 20:04

正文摘要:

本帖最后由 Mentary 于 2023-3-3 21:14 编辑 老师们,我在计算一种离子化合物在Al表面的吸附解离机理,使用CP2k软件对该离子化合物的单个分子进行结构优化(它被放到了一个足够大的盒子中,初始结构如上面的图片 ...

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chands 发表于 Post on 2023-3-11 23:10:15
sobereva 发表于 2023-3-11 22:59
波函数用高斯函数展开,平面波只是用来高效地计算静电作用

谢谢!
sobereva 发表于 Post on 2023-3-11 22:59:46
chands 发表于 2023-3-9 17:44
“CP2K里平面波只是起到辅助基组的作用”,请问如何起辅助作用呢?

波函数用高斯函数展开,平面波只是用来高效地计算静电作用
chands 发表于 Post on 2023-3-9 17:44:09
sobereva 发表于 2023-3-9 17:25
CP2K里平面波只是起到辅助基组的作用
和Gaussian用同种基组和泛函,恰当设定的情况下,能量能相符到0.00 ...

“CP2K里平面波只是起到辅助基组的作用”,请问如何起辅助作用呢?
sobereva 发表于 Post on 2023-3-9 17:25:43
chands 发表于 2023-3-3 20:17
当然可以先在Gaussian优化好再将结构导入CP2K作计算。CP2K用平面波基组,CP2K优化的结构不会与Gaussian完全 ...

CP2K里平面波只是起到辅助基组的作用
和Gaussian用同种基组和泛函,恰当设定的情况下,能量能相符到0.000N Hartree数量级

对于优化孤立分子,CP2K里作为非周期性体系并设置得当的情况下可以得到和Gaussian相当一致的优化结果。(不过CP2K里优化分子体系收敛慢得多,主要原因之一是基于笛卡尔坐标优化)
Mentary 发表于 Post on 2023-3-3 22:08:28

十分感谢您的解答
chands 发表于 Post on 2023-3-3 22:04:53
Mentary 发表于 2023-3-3 21:44
您好,那我直接用高斯优化的结果构建其在Al表面的初始构型,然后用CP2K进行计算,基组和方法和原帖的一样 ...

可以。

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Mentary 发表于 Post on 2023-3-3 21:44:53
chands 发表于 2023-3-3 21:16
有两个问题:(1)Gaussian不能做周期性体系,所以Gaussian优化出来的结构跟你从晶胞里提取的结构大概率 ...

您好,那我直接用高斯优化的结果构建其在Al表面的初始构型,然后用CP2K进行计算,基组和方法和原帖的一样是可以的吗?感谢您耐心的解答
chands 发表于 Post on 2023-3-3 21:16:23
Mentary 发表于 2023-3-3 21:09
您好,我了解高斯不能优化周期性体系。我的意思是用高斯优化从晶胞中提取的单分子没问题,但是用CP2K优化 ...

有两个问题:(1)Gaussian不能做周期性体系,所以Gaussian优化出来的结构跟你从晶胞里提取的结构大概率不一样,比如晶胞结构阴阳离子是分开的,优化出来形成阴阳离子复合物也是可能。(2)盒子不是“足够大”就行,如果你要复现晶胞的性质,盒子的参数要与晶胞参数一致而且要加周期性边界条件。

如果你要优化孤立体系,当然可以用Gaussian优化好的结构放进CP2K计算。
Mentary 发表于 Post on 2023-3-3 21:09:38
本帖最后由 Mentary 于 2023-3-3 21:12 编辑
chands 发表于 2023-3-3 21:02
晶胞提取的结构,CP2K优化时加周期性边界条件没?Gaussian不能优化周期性体系,晶胞的结构跟气相孤立结构 ...

您好,我了解高斯不能优化周期性体系。我的意思是用高斯优化从晶胞中提取的单分子没问题,但是用CP2K优化这个单分子(原帖中已经说明放到足够大的周期形盒子中了)会与实际不符,所以我想直接用高斯优化完的结果,不再用CP2K对其进行优化。不知道这样可不可以,因为在构建其在Al表面的构型后,依然需要CP2K进行计算。
chands 发表于 Post on 2023-3-3 21:02:37
Mentary 发表于 2023-3-3 20:39
老师您好,图片中的是单分子,我对原来的帖子又编辑了一次,添加上了分子初始结构,从晶胞中提取的,高斯 ...

晶胞提取的结构,CP2K优化时加周期性边界条件没?Gaussian不能优化周期性体系,晶胞的结构跟气相孤立结构本来就不一样。
Mentary 发表于 Post on 2023-3-3 20:39:21
chands 发表于 2023-3-3 20:17
当然可以先在Gaussian优化好再将结构导入CP2K作计算。CP2K用平面波基组,CP2K优化的结构不会与Gaussian完全 ...

老师您好,图片中的是单分子,我对原来的帖子又编辑了一次,添加上了分子初始结构,从晶胞中提取的,高斯优化是没问题,但是使用CP2K优化完以后分子变得不符合实际了。
chands 发表于 Post on 2023-3-3 20:17:01
当然可以先在Gaussian优化好再将结构导入CP2K作计算。CP2K用平面波基组,CP2K优化的结构不会与Gaussian完全一致。但是我感觉你的阴阳离子是可以形成复合物啊。

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