你好！建立拓扑文件的时候，其它LJ_param，bonded_param等需要修改吗？能看一下私信吗

你用sobtop怎么搞的clayff的拓扑文件

Lacrimosa 发表于 2023-3-13 21:09
从你轨迹来看在崩溃之前表面的铝/氧原子都挤到一起了，所以羟基才会旋转。问题可能出在结构或者控压参数 ...

非常感谢您的建议！我明天来试试排查一下，感谢！

chieko 发表于 2023-3-11 22:06
文献中有类似的模型，是这么设置的，并没有说具体原因；我这里就当是先重复别人的模拟试一试了。
在我看 ...

从你轨迹来看在崩溃之前表面的铝/氧原子都挤到一起了，所以羟基才会旋转。问题可能出在结构或者控压参数的设置上。
你可以先检查一下你的初始结构，氧化铝的三个角度应该是90/90/120，而你的结构中参数都偏了一点，xy方向的结构不同了，使用xy方向耦合的控压方式是否合理？试试把晶胞正交化，做成矩形盒子再尝试。
另外需要确认一下compressibility设置的数值是否合理

Lacrimosa 发表于 2023-3-11 10:28
为什么要 xy方向控压 z方向维持尺寸? 不应该是反过来的吗？

文献中有类似的模型，是这么设置的，并没有说具体原因；我这里就当是先重复别人的模拟试一试了。
在我看来，对于我要做的东西，只NPT也是没有问题的，暂时并没有一定要固定z方向尺寸的理由。
当然如问题中所述，我也试了在NPT下的计算，会出现一样的问题。

为什么要 xy方向控压 z方向维持尺寸? 不应该是反过来的吗？