非常感谢，但是这段代码运行结果只包含这个.tcl文件，是不是这样就不能画图呀

把你的要绘制结构文件（如xyz,pdb等）和你这两个.tcl, .vmd放到你在VMD的console（黑色那个）中输入pwd得到的当前目录下，然后先在VMD的file里找到load visualization state, 然后把.vmd那个文件加载进去，之后在console中source那个.tcl文件就行了。