gromacs作相互作用能分析时报错

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发布时间: 2023-3-15 10:26

麻烦大家，有个问题想咨询，在对模拟完后的md.xtc文件进行了处理周期性边界以及对DNA消除平动和转动，之后得到fit.xtc文件，在做相互作用能分析时输入gmx mdrun -v -deffnm md -rerun fit.xtc -ntmpi 1 命令时出现如 ...

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Wxy1998 发表于 Post on 2023-3-15 14:59:12

sobereva 发表于 2023-3-15 14:03
output组的选择决定了你产生的轨迹文件里记录了哪些部分，显然不选system的话就和其它文件原子不对应了

好的谢谢sob老师

sobereva 发表于 Post on 2023-3-15 14:03:48

Wxy1998 发表于 2023-3-15 14:01
sob老师您好，我是模拟DNA与金属离子，在处理周期性边界中centering组选择DNA，output组选择system，在消 ...

output组的选择决定了你产生的轨迹文件里记录了哪些部分，显然不选system的话就和其它文件原子不对应了

Wxy1998 发表于 Post on 2023-3-15 14:01:23

sobereva 发表于 2023-3-15 11:50
弄清楚你处理轨迹过程中是否只保留了某个组，这会导致轨迹和cpt等其它文件原子数不对应

sob老师您好，我是模拟DNA与金属离子，在处理周期性边界中centering组选择DNA，output组选择system，在消除平动和转动中选择的组least squares fit组和output组都选择的DNA，请问这样对吗

sobereva 发表于 Post on 2023-3-15 11:50:47

弄清楚你处理轨迹过程中是否只保留了某个组，这会导致轨迹和cpt等其它文件原子数不对应

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