计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 分子模拟 (Molecular Modeling) › 分子距离大于cutoff值的问题

分子距离大于cutoff值的问题

查看数: 1072 | 评论数: 4 | 收藏 Add to favorites 0

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

帖子模式

MGET127

发布时间: 2023-3-15 10:41

正文摘要:

在尝试蛋白(4wpn)-水(SPC)体系，分别使用editconf加cube盒子、solvate加水、genion加抗衡离子后，进行能量最小化操作。出现如图警告. 是我的.gro、.mdp文件。先谢谢各位老师同学。

回复 Reply

MGET127 发表于 Post on 2023-3-15 18:48:52

sobereva 发表于 2023-3-15 16:02
尝试更老的诸如2018有什么提示。检查拓扑文件试图弄清楚2.114nm的exclusion对应什么

好的，十分感谢老师。

sobereva 发表于 Post on 2023-3-15 16:02:42

MGET127 发表于 2023-3-15 15:16
老师，我拓扑文件选用的是gmx54a7，水是spc，pdb2gmx生成。填充水分子使用gmx solvate命令，包括-p自动修 ...

尝试更老的诸如2018有什么提示。检查拓扑文件试图弄清楚2.114nm的exclusion对应什么

MGET127 发表于 Post on 2023-3-15 15:16:59

sobereva 发表于 2023-3-15 11:52
检查拓扑文件合理性、创建过程
跟mdp没直接关系。mdp本身没明显问题

老师，我拓扑文件选用的是gmx54a7，水是spc，pdb2gmx生成。填充水分子使用gmx solvate命令，包括-p自动修改拓扑文件。我尝试换成amber99sb，操作步骤相同，但得到的错误相同（较大的距离均为2.114nm）。我看gmx的gitlab上，是因为2022版本的新检查，目的是为了防止获得轻微不正确的能量。我想再请问下，这个问题的存在是否会导致部分大于cutoff的非键作用缺失，问题属于比较严重的类型吗？

sobereva 发表于 Post on 2023-3-15 11:52:15

检查拓扑文件合理性、创建过程
跟mdp没直接关系。mdp本身没明显问题

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register