liudinghao 发表于 2025-4-25 16:51
老师，对冰扩出真空区，gmx solvate加水之后，把一些水分子加入到我的冰结构当中了，这该怎么处理呢？

利用VMD去除
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）里模拟冰的例子用到的做法

sobereva 发表于 2023-3-17 03:53
模拟冰和模拟水盒子仅有两个差别：
(1)需要用能够描述冰比较好的水模型的itp文件代替常用的诸如spce.itp
...

老师，对冰扩出真空区，gmx solvate加水之后，把一些水分子加入到我的冰结构当中了，这该怎么处理呢？

牧生 发表于 2023-3-21 11:15
把盒子稍微改大一点就好了啊，反正NPT的时候，会自发收缩到合理的大小。用下面这个参数就可以啊，不要试图 ...

好的，大佬

把盒子稍微改大一点就好了啊，反正NPT的时候，会自发收缩到合理的大小。用下面这个参数就可以啊，不要试图自己手动去改一个“恰到好处”的大小。

CRYST1   30.000  28.000   75.000  90.00  90.00  90.00 P 1           1

牧生 发表于 2023-3-20 11:40
主要问题在于 icebox.pdb中的盒子信息不太对。。
不过我试了一下，问题不大，得到的em.gro打开是没有问题 ...

不好意思，找不到昨天的回复贴了，昨天您让我尝试把小数点加上CRYST1   28.000   24.000   69.000  90.00  90.00  90.00 P 1           1，但是还是出现了很多pdb文件，然后在28，24，23的长方体内放600个水分子是不是有点多，根据阿伏伽德罗常数和水的密度来算，这个长方体能放515左右个水分子

非好汉 发表于 2023-3-20 12:44
大佬，还是觉得得明白哪里错了，不然下次还会犯这种错，还请大佬指教。

pdb的盒子信息，你试试把小数点加上去，比如CRYST1   30.000  28.000   75.000  90.00  90.00  90.00 P 1           1

牧生 发表于 2023-3-20 11:40
主要问题在于 icebox.pdb中的盒子信息不太对。。
不过我试了一下，问题不大，得到的em.gro打开是没有问题 ...

大佬，还是觉得得明白哪里错了，不然下次还会犯这种错，还请大佬指教。 icebox.pdb (351.96 KB, 下载次数 Times of downloads: 21)

2023-3-20 12:43 上传 Uploaded

点击下载
Click to download

牧生 发表于 2023-3-20 11:40
主要问题在于 icebox.pdb中的盒子信息不太对。。
不过我试了一下，问题不大，得到的em.gro打开是没有问题 ...

好的

主要问题在于 icebox.pdb中的盒子信息不太对。。
不过我试了一下，问题不大，得到的em.gro打开是没有问题的。

牧生 发表于 2023-3-20 11:23
[ molecules ]
; Molecule      nmols
SOL     1464

谢谢大佬，刚刚尝试了一下，生成em.tpr了

非好汉 发表于 2023-3-20 11:09
大佬，这个centos下的genice2已经安装好了，结果我又卡在了那篇知乎文章上了，在这一步gmx grompp -f em. ...

[ molecules ]
; Molecule      nmols
SOL     1464         

牧生 发表于 2023-3-17 11:31
在centos下，安装miniconda，然后用pip只需要一步命令即可安装上genice。

大佬，这个centos下的genice2已经安装好了，结果我又卡在了那篇知乎文章上了，在这一步gmx grompp -f em.mdp -c icebox.pdb -p icebox.top -o em.tpr -maxwarn 2总会错，还请看一下我的文件 冰水.rar (77.81 KB, 下载次数 Times of downloads: 46)

2023-3-20 11:05 上传 Uploaded

点击下载
Click to download

非好汉 发表于 2023-3-17 11:27
好的，谢谢。但是这个genice，我在Windows上用pip和conda装过好多次了，也用了镜像，一直装不上去，换了 ...

在centos下，安装miniconda，然后用pip只需要一步命令即可安装上genice。