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分子中有跨过盒子边界成键的情况

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AiYuqing22

发布时间: 2023-3-16 16:22

正文摘要:

老师们好！我的情况：我用sobtop生成一张COF膜的gaff力场，参考了Sobtop (sobereva.com)中"例6：产生跨越盒子的无限长氯丁二烯聚合物的拓扑文件"，我使用gview手动在x、y方向上将跨盒子边界成键的键连接起来，如 ...

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sobereva 发表于 Post on 2024-11-12 11:11:45

youknowdcf 发表于 2024-11-11 15:57
sob老师好，手册里说yes时使用较慢的pbc算法，是指体系的计算速度减慢吗？我是构建了一个周期性的纳米片 ...

速度差不了太多

youknowdcf 发表于 Post on 2024-11-11 15:57:24

sobereva 发表于 2023-3-17 04:11
1 periodic_molecules = yes和pbc = xyz完全是两码事，后者决定体系的PBC，而前者要求产生bonded项的时候考 ...

sob老师好，手册里说yes时使用较慢的pbc算法，是指体系的计算速度减慢吗？我是构建了一个周期性的纳米片体系，本意是想减小一下体系尺寸（与孤立簇相比）从而加快计算速度，这样会得不偿失吗？

AiYuqing22 发表于 Post on 2023-3-17 16:40:38

sobereva 发表于 2023-3-17 04:11
1 periodic_molecules = yes和pbc = xyz完全是两码事，后者决定体系的PBC，而前者要求产生bonded项的时候考 ...

谢谢sob老师，我对照自己的体系去检查问题。

sobereva 发表于 Post on 2023-3-17 04:11:52

1 periodic_molecules = yes和pbc = xyz完全是两码事，后者决定体系的PBC，而前者要求产生bonded项的时候考虑跨盒子情况。你这种体系必须用periodic_molecules = yes

2 对照gview显示的原子序号，自行检查sobtop产生的itp文件里的[bonds]等项，抽查一些，该有的都有就没问题

3 http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

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