Lacrimosa 发表于 2023-3-18 20:56
我不太确定你想要修改什么。
如果想要修改gen-pairs又不影响gmx里原本的参数，也可以把gromos54a7/force ...

好的，十分感谢老师。

MGET127 发表于 2023-3-18 20:19
谢谢老师，确实是top文件里的gen-pairs的问题。我还想请教下，我调用的是gmx自带的 "gromos54a7/forcefie ...

我不太确定你想要修改什么。
如果想要修改gen-pairs又不影响gmx里原本的参数，也可以把gromos54a7/forcefield.itp里面的内容复制到你的top文件里，同时删掉 #include “gromos54a7/forcefield.itp”。 forcefield.itp里复制过来的内容中路径可能需要修改一下。
另外还有别的解决报错的方法，比如直接在itp里删掉[ pairs ]部分 或者 在[ pairs ]部分补上参数。我不了解gromos力场也不太了解蛋白模拟，所以你需要自己判断一下。

Lacrimosa 发表于 2023-3-18 19:05
在top文件里的[ defaults ]部分有没有写gen-pairs yes？

谢谢老师，确实是top文件里的gen-pairs的问题。我还想请教下，我调用的是gmx自带的 "gromos54a7/forcefield.itp"，我修改gen-pairs也是去这里面改的。可以通过在自建的top文件里添加什么参数修改么？我去翻了手册，没有找到相关的提示。

在top文件里的[ defaults ]部分有没有写gen-pairs yes？