travis + vmd 绘制空间分布函数(Spatial Distribution Function, SDF)流程攻略

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发布时间: 2023-3-19 01:20

本帖最后由 ggdh 于 2023-3-19 02:58 编辑 1. 前言空间分布函数(SDF)是以cube等值面的方式在某个分子周围直观的展示其他原子（比如溶剂，金属的配体）分布的方法。根据对论坛的搜索，目前有几套方案： 1. 使用 ...

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守月之殇 发表于 Post on 2025-2-9 02:19:47

老师您好，请问我如果想用TRAVIS画金属离子和水的SDF，应该怎么画？因为中心分子是金属离子，没办法输入三个原子的名称确定中心分子的取向，所以想请教一下

用户128668 发表于 Post on 2025-1-3 01:19:02

老师您好，我想请教一下在VMD中lsovalue是什么物理意义呢？作图时我该怎么选择这个lsovalue值？希望能够解答一下，谢谢谢谢

spinel 发表于 Post on 2024-12-12 10:53:40

请问在第8步中，输入三个原子名称，如果我的目标分子是一个离子，比如Fe3+，只有一个原子，无法选择三个原子，请教一下这一步应该如何处理呢？

ggdh 发表于 Post on 2024-12-3 21:36:18

jlyjlysjd 发表于 2024-12-3 14:37
请问为什么我画出来是方的呢，我不知道是哪里的问题

蓝色区域代表了水分子的密度，我的问题就是，这个等 ...

你是选的范围太大了？超过了盒子的边长？

jlyjlysjd 发表于 Post on 2024-12-3 14:37:09

请问为什么我画出来是方的呢，我不知道是哪里的问题

蓝色区域代表了水分子的密度，我的问题就是，这个等值面的分布为什么是呈现方形的？而不是围绕在分子边上呈现球状的呢？看上去很奇怪，并不和谐。
谢谢老师

1367 发表于 Post on 2024-11-14 15:34:58

您好，想问一下第8步. 输入三个原子的名称确定中心分子的取向，如果不知道原子名称是什么，请打开第5步产生的图片。这个选取的三个原子有什么原则嘛？比如需要是主链上面连续的三个原子？还是说开头末尾和中间各取一个？因为我发现取的原子不同对于SDF呈现的效果也是不一样的，所以希望您可以解答一下，多谢!

fluid 发表于 Post on 2024-10-18 15:41:56

你好呀，方便讲一下window的使用方法吗，分析rdf

ggdh 发表于 Post on 2023-7-10 21:53:28

angervlf 发表于 2023-7-6 03:30
下图是1000帧的轨迹不同平滑级别后的出图效果，供参考，注意这里平衡级别越低，iso就需要设高，以保证噪音 ...

说错了是平滑级别

angervlf 发表于 Post on 2023-7-6 03:30:12

下图是1000帧的轨迹不同平滑级别后的出图效果，供参考，注意这里平衡级别越低，iso就需要设高，以保证噪音点减小。
请问这里的平衡级别指的是什么意思啊？

nianbin 发表于 Post on 2023-4-20 11:26:36

请问vcube如何使用呀

nianbin 发表于 Post on 2023-4-17 10:47:11

牛

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