qingqingdong 发表于 2023-3-21 10:25
感谢回复，已找到原因，是金参数不合理，已找到所用力场下金的参数

楼主，您好，方便透露下金slab的参数在哪里找到的吗？

qingqingdong 发表于 2023-3-21 10:25
感谢回复，已找到原因，是金参数不合理，已找到所用力场下金的参数

想问一下楼主，如何修改哪些参数使面的力场参数合理呢，我使用的是铁原子，然后根据文献修改了非键参数，在模拟使使用了位置限制，但面还是会发生形变，所以一般这种金属原子的参数要修改哪些呀，求教，感谢

sobereva 发表于 2023-3-23 01:52
够了

好的，谢谢老师！

qingqingdong 发表于 2023-3-22 11:09
明白了，多谢sob老师！请问大概几层才可以呢，6层够不够

够了

sobereva 发表于 2023-3-21 23:42
太薄的话吸附作用描述不准确，因为更底下的金属对分子的吸附能仍然不是可以忽略不计的
而且太薄的话可能 ...

明白了，多谢sob老师！请问大概几层才可以呢，6层够不够

qingqingdong 发表于 2023-3-21 10:27
感谢回复，我增加一下厚度，请问用的金板太薄是会影响吸附吗

太薄的话吸附作用描述不准确，因为更底下的金属对分子的吸附能仍然不是可以忽略不计的
而且太薄的话可能slab过于容易由于外部作用而变形，导致和实际表面的情况不一致

sobereva 发表于 2023-3-20 15:07
slab太薄。基于力场的动力学模拟非常便宜，没任何理由才用区区三层原子的slab

感谢回复，我增加一下厚度，请问用的金板太薄是会影响吸附吗

Lacrimosa 发表于 2023-3-20 10:52
直接冻结可能会对吸附有影响。首先你得确定你所用的力场以及模拟参数下，金板是否能保持其结构。如果能，那 ...

感谢回复，已找到原因，是金参数不合理，已找到所用力场下金的参数

slab太薄。基于力场的动力学模拟非常便宜，没任何理由才用区区三层原子的slab

直接冻结可能会对吸附有影响。首先你得确定你所用的力场以及模拟参数下，金板是否能保持其结构。如果能，那应该先从体系或者参数设置上找原因，控压参数是否合理，金板的厚度会不会有影响之类的；如果不能，那再加上position_restraint或者冻结底层的金原子，这样影响会相对小一些。