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free energy landscape 用amber怎么作？

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18217265596

发布时间: 2023-3-20 16:43

正文摘要:

在amber的这个教程里https://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial22/section3.php 有这么一张图，是把不同的结构投影到free energy landscape上，但我不是很清楚这个图有没有什么便捷的绘制方法通过教程里的 ...

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18217265596 发表于 Post on 2023-3-22 09:28:34

rpestana94 发表于 2023-3-21 00:11
if you have interest of using this kind of simulation, professor Miao developed a tool for this, GLO ...

thank you for your generous reply
i'll check and learn to use the tool

rpestana94 发表于 Post on 2023-3-21 00:11:16

if you have interest of using this kind of simulation, professor Miao developed a tool for this, GLOW, http://miaolab.org/GLOW/

As far I understand it will run the simulation and will give you this kind of plot from your simulation using Gamd which is an improvement of aMD

18217265596 发表于 Post on 2023-3-20 22:00:29

likejade 发表于 2023-3-20 21:00
没有用过amber，但plumed程序可以统计绘制这种势能面的图。
Metadynamics等增强采样方法可以得到势能面的 ...

谢谢回复
刚看到社长的帖子http://sobereva.com/73
基本没问题了我看看您说的plumed

likejade 发表于 Post on 2023-3-20 21:00:56

没有用过amber，但plumed程序可以统计绘制这种势能面的图。
Metadynamics等增强采样方法可以得到势能面的原始数据。

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