sobereva 发表于 2023-3-24 00:26
如果想尽可能增加最终得到能量最低结构的概率，就增加初始traj.xyz的帧数（轨迹跑得更长来实现）、初筛后 ...

嗯嗯，十分感谢！

不想飞的猫头鹰 发表于 2023-3-23 14:19
十分感谢卢老师，受启发很大，感谢您的耐心回答想要再问下第四点，也就是说，构象搜索出来的结果有比 ...

如果想尽可能增加最终得到能量最低结构的概率，就增加初始traj.xyz的帧数（轨迹跑得更长来实现）、初筛后也保留较多的帧。并不需要多次模拟

sobereva 发表于 2023-3-23 07:24
1 将cluster.xyz里的能量和备份的输出文件里的能量去匹配

2 只要不是局部带显著电荷的体系，opt freq加 ...

十分感谢卢老师，受启发很大，感谢您的耐心回答想要再问下第四点，也就是说，构象搜索出来的结果有比较大的差异才值得专门详细谈，而由于初始结构的随机性，最后高精度优化的结果有所不同是可以理解的吧，在这种情况下如果想要尽可能有说服力就需要选取更多帧的结构进行最后的计算或者做多次模拟可以吗？

1 将cluster.xyz里的能量和备份的输出文件里的能量去匹配

2 只要不是局部带显著电荷的体系，opt freq加不加隐式溶剂模型无所谓。懒得判断、不在乎多花点耗时就始终都加

3 需要基于Hessian计算力常数的场合都是刚性或至少局部是刚性的体系，这种情况本来就没多构象的事（至少对刚性局部而言）

4 这不算显著的结构差异。对于那么大的体系局部甲基朝向相差一点对自由能的影响微乎其微，目前再准确的计算级别也基本不可能可靠地算出来这点差异带来的影响。骨架结构有大幅差异那才是值得说事的。

5 AMD机子上用Intel的东西的时候别开专供Intel CPU的优化选项就行了。静态库是程序编译的时候就连接并且纳入到可执行文件里的，不需要自己的机子上装相应的库。

6 这是GROMACS常识知识。基于AMBER力场的[defaults]字段的设置，不同原子类型之间LJ参数会自动基于原子类型自身的LJ参数通过混合规则产生，包括AMBER-AMBER、AMBER-GAFF、GAFF-GAFF原子类型之间的。

不要以为一个水模型对于纯水的特征模拟有长处就认为代替蛋白质力场原配水模型会更好，本身蛋白质力场在拟合参数就和原配的水模型会有误差抵消，换了别的水模型就没这种抵消效应，到时候审稿人还可能问你怎么证明你用的水模型和那个蛋白质力场的兼容性。