周期性边界处理问题

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发布时间: 2023-3-23 16:19

老师好，我在进行一个蛋白质模拟时，蛋白质含有一条链，我想要获得其random结构，就将温度设置为380K进行模拟，但是在最后获得结构位于盒子外面，如下图左图所示。我便使用gmx trjconv -s md_0_1.tpr -f md_0_1.xtc ...

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sobereva 发表于 Post on 2023-3-24 01:14:49

用 -pbc mol 先搞一次，观看轨迹确认蛋白确实完整了，然后对此轨迹再结合-center搞一次。不要试图一次性搞完

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