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求助：关于模拟金属离子和蛋白质时使用哪种模型的问题

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wmy1217

发布时间: 2023-3-24 22:50

正文摘要:

本帖最后由 wmy1217 于 2023-3-24 22:53 编辑各位老师，最近刚刚接触分子模拟，导师想让我研究金属离子对蛋白质的作用或者是对其结构功能的影响。金属离子用的是Cu2+Cd2+和Mn2+，蛋白质是一类载脂蛋白，结构是通 ...

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一条君 发表于 Post on 2024-3-29 23:38:22

老师，请问如果验证完有问题（常见的锂离子参数也存在配位数偏高问题），那么离子参数还能用于经典md吗? 看到一些文献是通过给原有电荷乘一定系数（通常为0.5-0.8）改进的，是否可行。谢谢~
https://doi.org/10.1039/C9CP04947A；https://doi.org/10.1021/acs.jpcb.0c05108

wmy1217 发表于 Post on 2024-1-6 21:40:09

THTERT 发表于 2023-12-25 19:10
楼主你好，请问MIB2网站（ http://combio.life.nctu.edu.tw/MIB2/ ）这个网址如何打开？现在好像打不开了

它好像就是偶尔容易崩溃，等几天可能就好了

THTERT 发表于 Post on 2023-12-25 19:10:03

楼主你好，请问MIB2网站（ http://combio.life.nctu.edu.tw/MIB2/ ）这个网址如何打开？现在好像打不开了

sobereva 发表于 Post on 2023-3-27 00:55:04

wmy1217 发表于 2023-3-26 14:16
谢谢老师的回答，我想请问这个MD和量子化学簇模型是针对这个金属离子和蛋白质的对吗？以及它们之间优化结 ...

对比键长、键角、关键的二面角等。原理上最好再对比力常数，但略麻烦

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wmy1217 发表于 Post on 2023-3-26 14:16:30

sobereva 发表于 2023-3-25 04:34
比较恰当的验证方法是基于相应的离子参数做能量极小化和MD，和量子化学用簇模型或者QM/MM方式做的动力学或 ...

谢谢老师的回答，我想请问这个MD和量子化学簇模型是针对这个金属离子和蛋白质的对吗？以及它们之间优化结构的比对主要是观察什么呢？结果是怎样的才说明这个模型是可行的？（第一次接触量子化学所以不太理解，希望老师不吝赐教）

sobereva 发表于 Post on 2023-3-25 04:34:23

比较恰当的验证方法是基于相应的离子参数做能量极小化和MD，和量子化学用簇模型或者QM/MM方式做的动力学或者优化的结构对比。不做验证的话，而且如果参数合理性对当前研究的问题影响比较大，很容易遭质疑。

JCIM文中配位数的计算误差小不代表直接用于金属蛋白就能合理描述局部配位结构，本来其参数就是很简单的各项同性的。

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