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求助，tip4p/ice水模型使用求助

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非好汉

发布时间: 2023-3-25 11:47

正文摘要:

在构建tip4p/ice水模型下的冰水混合物时有一些问题，想请教一下各位大佬。 1.三点水模型转四点水模型后多一个点，改了gro文件中的water总原子数（加上虚原子），但是需要给这个虚原子加序号吗，比如将图中的1SOL后 ...

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非好汉 发表于 Post on 2023-3-25 12:25:37

牧生发表于 2023-3-25 12:03
1. 使用gmx editconf -f newicebox.gro -o newicebox2.gro理顺编号
2. 不是必须分成两个组，图方便的话， ...

好的，谢谢大佬！

牧生 发表于 Post on 2023-3-25 12:03:49

1. 使用gmx editconf -f newicebox.gro -o newicebox2.gro理顺编号
2. 不是必须分成两个组，图方便的话，都直接使用SOL即可
3. 使用http://bbs.keinsci.com/thread-32973-1-1.html 第三楼的附件的水参数更好，结冰速度更快。

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