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补充力场参数文件出错导致min无法进行

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发布时间: 2016-6-24 10:46

正文摘要:

各位老师好,最近在用Amber跑动力学的时候总是遇到一个问题。用命令生成mol2文件时,总是出现这样一句话:Info: Bond types are assigned for valence state 2 with penalty of 1。但是mol2文件看不出什么异样,这样 ...

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sobereva 发表于 Post on 2016-6-24 15:58:42
你可以先跑跑MD看能否跑起来,分子结构是否能正确维持住

那个info:不用管。

当前情况是缺少一个二面角参数,于是自动套用了普适性二面角参数(只定义中间两个原子,但末尾两个原子是通配的),未必不合理。

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