识别对比不同计算级别下相应的振动模式

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发布时间: 2016-6-24 15:30

我做分子力学参数(amber)，衡量结果的标准是对比QM与MM计算所得频率并作差求和。即sum(abs(QMfreq-MMfreq)) 显然，作差应该是对相同的振动模式而言。但是用Gaussian做振动分析，最终结果会按照频率由低到高排序 ...

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sobereva 发表于 Post on 2016-6-24 18:11:29

KiritsuguPapa 发表于 2016-6-24 17:31
振动模式下面的5位小数即是振动矢量吧？
对每个振动模式，考虑其对应的3N维矢量，寻找另一方法的与其 ...

是，可行

KiritsuguPapa 发表于 Post on 2016-6-24 17:51:58

KiritsuguPapa 发表于 2016-6-24 17:31
振动模式下面的5位小数即是振动矢量吧？
对每个振动模式，考虑其对应的3N维矢量，寻找另一方法的与其 ...

试了一下，因为都是归一化的，cos夹角=两向量点乘接近1就可以了试验了一下得到0.996，works！
谢谢老师解答

sobereva 发表于 Post on 2016-6-24 16:07:05

不同QM方法，对于本身振动频率相差不大的模式，也可能顺序不同。

只能按照振动矢量来判断了。

Coord Atom Element里面coord表示X,Y,Z分量，Atom是原子序号，Element是元素序号，这判断不了什么。

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