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模仿动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索,orca的启动失败了

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发布时间: 2023-3-29 17:11

正文摘要:

本帖最后由 奶啵啵 于 2023-3-30 09:28 编辑 这个地方是不是代表 orca的启动失败了 检查了一下,关键词报错, grid4,请问sob老师是否可以直接删除

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奶啵啵 发表于 Post on 2023-4-2 08:46:28
sobereva 发表于 2023-4-2 04:43
我不知道你用的是虚拟机还是什么远程连接到图形终端。
标准Linux运行环境下没有这种事

好的,明白了了,谢谢
sobereva 发表于 Post on 2023-4-2 04:43:38
奶啵啵 发表于 2023-4-1 10:05
嗯。。。。这个环境是指?
我昨天嗯。。。。我挺笨的,我用molclus调用高斯优化,得出来的结果,再一个 ...

我不知道你用的是虚拟机还是什么远程连接到图形终端。
标准Linux运行环境下没有这种事
奶啵啵 发表于 Post on 2023-4-1 10:05:31
sobereva 发表于 2023-4-1 05:17
不要在奇怪的环境下运行

嗯。。。。这个环境是指?
我昨天嗯。。。。我挺笨的,我用molclus调用高斯优化,得出来的结果,再一个个的自己用orca算单点。
再用Sherom统计能量。
sobereva 发表于 Post on 2023-4-1 05:17:25
奶啵啵 发表于 2023-3-30 10:07
不好意思老师,我刚才把终端给关了,是这样的情况。
第一个结构调用高斯成功且正常结束,当调用orca时, ...

不要在奇怪的环境下运行
wzkchem5 发表于 Post on 2023-3-30 15:58:07
奶啵啵 发表于 2023-3-30 02:05
好滴好滴,谢谢了,嗯。。。。。。还有就是,我一个结构,一百多个原子,按照文中的级别做单点能,一个ga ...

如果嫌慢就降低理论级别
sobereva 发表于 Post on 2023-3-30 09:54:14
奶啵啵 发表于 2023-3-30 09:30
molclus给的提示是event manager:no focus 无焦点

截图说明
奶啵啵 发表于 Post on 2023-3-30 09:30:01
sobereva 发表于 2023-3-30 09:19
molclus在干什么、运行什么命令,在屏幕上写得清清楚楚,没有隐藏任何细节。凭常识解决

molclus给的提示是event manager:no focus 无焦点
奶啵啵 发表于 Post on 2023-3-30 09:28:39
sobereva 发表于 2023-3-30 09:17
好好把此文看了
谈谈ORCA 5.0的新特性和改变
http://sobereva.com/604(http://bbs.keinsci.com/thread-2 ...

已对帖子进行修改
sobereva 发表于 Post on 2023-3-30 09:19:54
奶啵啵 发表于 2023-3-30 09:15
补个问题,在molclus界面显示调动了orca,可是没有开始计算
orca的out文件是空的
orca经过测试是安装成 ...

molclus在干什么、运行什么命令,在屏幕上写得清清楚楚,没有隐藏任何细节。凭常识解决
sobereva 发表于 Post on 2023-3-30 09:17:45
好好把此文看了
谈谈ORCA 5.0的新特性和改变
http://sobereva.com/604http://bbs.keinsci.com/thread-23917-1-1.html

别以为写@sob能令我接收到提醒,居然连名字都不打全。别打什么“哈哈”,下次删帖+扣分处理
奶啵啵 发表于 Post on 2023-3-30 09:15:37
奶啵啵 发表于 2023-3-30 09:05
好滴好滴,谢谢了,嗯。。。。。。还有就是,我一个结构,一百多个原子,按照文中的级别做单点能,一个ga ...

补个问题,在molclus界面显示调动了orca,可是没有开始计算
orca的out文件是空的
orca经过测试是安装成功的
奶啵啵 发表于 Post on 2023-3-30 09:05:55
wzkchem5 发表于 2023-3-30 00:02
不需要。
grid4的作用是加大格点,老版本的orca默认格点是grid2,很多时候不太够,因此加到grid4。新版 ...

好滴好滴,谢谢了,嗯。。。。。。还有就是,我一个结构,一百多个原子,按照文中的级别做单点能,一个gaussian+orca就算了一天。6个难道6天?(24核,24gb)
wzkchem5 发表于 Post on 2023-3-30 00:02:51
奶啵啵 发表于 2023-3-29 15:44
好的,我看了一些对应的帖子,发现这个关键词也是有用的,那我需要补别的词么

不需要。
grid4的作用是加大格点,老版本的orca默认格点是grid2,很多时候不太够,因此加到grid4。新版本orca默认格点是defgrid2,比grid4还大。所以对于大部分情况而言,不需要添加关键词增加格点。如果遇到数值误差导致scf/结构优化不收敛、频率计算有假虚频,或者做一些对核附近格点比较敏感的谱学计算,那么可以用defgrid3增加格点

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