请教蛋白-配体模拟结果的解释问题

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发布时间: 2023-3-30 09:32

我模拟了8种蛋白-配体，每个跑100ns，rmsd结果显示每一个蛋白都非常稳定，且配体（黄酮类）一直都待在结合部分，最后用pb方法算结合自由能也都为正，整个模拟无不合理的情况出现，力场也是适合蛋白和 ...

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sobereva 发表于 Post on 2023-4-3 07:12:22

dzdhp 发表于 2023-4-2 14:18
抱歉老师，是我笔误，结合自由能算出来是负数，因为是负数而配体又不是很老实所以才不知如何解释，想靠模 ...

假设力场、模拟设置什么的都合理，说明实际中配体与蛋白结合方式就是不唯一，而且自由能相差不大、结合构型变换的自由能垒也不高，实际中就是会在不同结合构型之间互变

sobereva 发表于 Post on 2023-4-1 10:06:08

不知道你想靠模拟表达什么
如果计算方式确实合理，结合作用能为正说明结合内在不稳定，动力学过程中配体呆不住也是正常的

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