| 是不是二面角的原因 |
WuQs 发表于 2023-4-4 16:06 谢谢老师，我后续检查进一步缩小了范围，目前最有可能的是GaussView转的mol2有问题，我把测试结果汇总在了http://bbs.keinsci.com/forum.php ... mp;page=1#pid242360 |
| 你可以检查下你失败的时候产生的log文件里的具体信息提示，我之前遇到过的跟你一样，但是我在log文件里找到具体出错的位置了；提示在某个原子附近异常，然后就找到具体问题了。我浏览了一下你似乎还没排出是什么问题，可以先去log里看一下。 |
喵星大佬 发表于 2023-4-4 12:24 好的，谢谢大佬，“力场参化过程中都是通过构造一系列模型化合物来拟合键长/键角/二面角等成键参数的”，我如果用cp2k做结构优化，得到平衡键长键角，是不是就是在完成您说的这步呢。我目前正在计算这个结构优化 |
a9471163 发表于 2023-4-3 19:06 你要搞清楚一个问题，在能量极小化的结构中，并不一定要求对于能量的每一项也要极小，换句话说，如果一种化学键平衡键长是a，一个结构里面同类化学键有b>a和c<a两种键长，这和整体能量最低并不冲突 换句话说，事实上在力场中直接指认晶体的键长/键角为该变量的极小点本身就是错误的 力场参化过程中都是通过构造一系列模型化合物来拟合键长/键角/二面角等成键参数的 |
本帖最后由 a9471163 于 2023-4-3 19:07 编辑 ggdh 发表于 2023-3-31 19:55 老师，我有了最新进展，总结在了http://bbs.keinsci.com/thread-36296-1-1.html，您有空的话可以看看，目前我通过控制变量法，逐个排查可能的问题，觉得您说的平衡键长键角不准，是很有可能的，我cp2k算了一次结构优化，第一次跑了22小时也没跑完，收敛趋势有振荡，我看可能收敛无望，超算里充的钱也不多了就先终止计算了，我今天晚上充值后继续算第二次，微调下计算参数 我还想请教一下，您说不计算，把晶体的键长键角当作平衡键长键角，我试了，我如果拿PDB文件载入sobtop，生成的拓扑能做能量最小化，如果是mol2载入sobtop生成的拓扑没法能量最小化，这俩都是把晶体的键长键角直接用的，作者报道的值。所以说就算把实验值拿来用了，可能还是有点问题，不知道为什么。所以我现在就只能是指望cp2k的计算值能不能解决问题了，但在我心目中，计算值哪怕是量化计算值，应该也不如单晶XRD实验值吧，不知您怎么看这个问题。详情就在上面那个链接里总结了 |
本帖最后由 a9471163 于 2023-4-1 12:58 编辑 GoldenBaby 发表于 2023-3-31 23:44 非常感谢大佬，您这里说的对，我按您说的给氧上补了2个氢，那里应该是配位水。多亏了您的提醒，我检查了之前自己做的几个MOF，那几个MOF都正常跑MD模拟了，但是有的氧上也是没补氢，本该补氢形成配位水的，可见如果MOF能跑动力学，这里不补氢的话，也能跑，如果不能跑模拟的话，这里就算补了氢，也不能跑，因此，结论是这里补氢对解决能量最小化无法进行的问题没有帮助。我还试了不在水盒子里做能量最小化，而是只有一个MOF在真空里能量最小化，也是一样的情况，最大力只能优化到10的5次方，远远达不到收敛标准 |
本帖最后由 GoldenBaby 于 2023-4-1 00:18 编辑 a9471163 发表于 2023-3-31 23:22 |
本帖最后由 a9471163 于 2023-3-31 23:23 编辑 GoldenBaby 发表于 2023-3-31 23:12 谢谢，这个是3D MOF。不是层状MOF，您看到成键是斜着连，应该也是对的，因为那个CIF在GaussView里成键显示是完全对的，mol2通过CIF一步转换生成，GaussView软件很智能，我还从来没见过在GaussView显示CIF成键完全正确的情况下，会生成错误的mol2，我相信GaussView不会这么令人失望的 |
我觉得你检查一下你生成的mol2文件吧，我这打开你上传mol2文件是这个样子
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ggdh 发表于 2023-3-31 20:47 好的，谢谢老师，我试试 |
a9471163 发表于 2023-3-31 20:28 直接cp2k算， 用sobtop把cp2k算出来的平衡键长键角直接写入应该也可以把？ |
ggdh 发表于 2023-3-31 19:55 非常感谢，有思路计算了，我查到ztop非常适合这方面计算，看了说明后发现，“程序会在当前目录找一个名为DON.log的文件”，我没有用高斯计算，就没这个log文件，请问是否可以用mol2等其他文件代替log文件呢，如果需要手写log文件，要写成什么格式呢 |
a9471163 发表于 2023-3-31 16:01 可以不算 你直接把晶体的键长键角当作平衡键长键角 |
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