求助。Amber tleap加载CHARMM-GUI建立的pdb磷脂双层膜复合物氢原子无法识别报错

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发布时间: 2023-3-31 19:37

本帖最后由 Jmiyu 于 2023-4-2 12:00 编辑使用CHARMM-GUI 建立POPC膜pdb（含配体）复合物后，想要加载到Amber20 tleap里面生成拓扑和坐标文件结果出现下图样加载报错信息，初始蛋白是没问题，且经charmmgui建 ...

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boinboinxu 发表于 Post on 2024-3-5 10:44:27

MrMr浩发表于 2024-1-26 19:53
老哥，我想请教一下，从charmm-gui中获得装配好的pdb，在leap里怎么设置盒子信息呢，是在读取复合物之后， ...

需要使用VMD查看盒子大小再设置的

MrMr浩 发表于 Post on 2024-1-26 19:53:34

老哥，我想请教一下，从charmm-gui中获得装配好的pdb，在leap里怎么设置盒子信息呢，是在读取复合物之后，直接 set complex box { xxx, xxx, xxx }吗

Jmiyu 发表于 Post on 2023-4-19 16:19:23

SiqiLee 发表于 2023-4-19 14:30
看你的截图，pdb原子类型后面不应该有数字，所以识别不了

好的谢谢回复我注意一下确实是pdb文件里格式细节出了问题。我按照amber论坛里面相关问题修改了18列之间的空格有点效果了。

SiqiLee 发表于 Post on 2023-4-19 14:30:54

看你的截图，pdb原子类型后面不应该有数字，所以识别不了

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