求助加压的NEMD模拟的盒子设置

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发布时间: 2023-4-1 14:01

各位老师：用GROMACS跑加压的NEMD模拟的时候，我参考下图所示的盒子，通过对两侧graphene板设置accelerate，同时在两侧graphene外还分别设置了5nm左右的真空层。请问这种情况下可以直接用pbc=xyz来模拟吗？（注：盒 ...

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萌新杨同学 发表于 Post on 2023-4-30 20:24:21

您好，请问您的问题解决了吗？我想请教一下在NEMD模拟时由于对粒子的某个方向施加了加速度，那么该方向的速度会受到人为干扰，那么在控温时改如何考虑这个人为干扰才能合理呢？分组控温可以解决这个问题吗？gromacs控温时可以仅考虑某些方向的自由度吗

sobereva 发表于 Post on 2023-4-2 04:22:40

xyz周期性没问题，z方向与镜像的相互作用可以忽略不计。
当前和wall完全没关系，本身石墨烯已经挡住了分子，不需要再用wall来挡什么

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