求教：使用sobtop生成MOF的两个itp文件，一个做能量最小化失败，另一个正常

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发布时间: 2023-4-3 17:53

老师您好，我做一个已发表MOF的分子动力学模拟，CCDC：924088，名称：TKL-107。初始结构下载于CCDC官网。这同一个MOF的CIF载入GaussView后，经检查，成键无误。扩胞为2*2*2，随后GaussView分别保存成PDB和mol2文件 ...

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sobereva 发表于 Post on 2023-4-5 06:41:29

a9471163 发表于 2023-4-4 20:00
谢谢老师提醒，具体结构文件——924088.cif来自于文献Fluorous metal-organic frameworks with enhanced ...

要看sobtop载入结构时显示的连接关系
sobtop对pdb文件是基于原子半径和距离判断成键。虽然gview默认也这么判断，但用的阈值也不同。所以用gview来对比没意义

sobereva 发表于 Post on 2023-4-4 08:02:23

差异不仅是那点微小的差别。itp文件的总行数都不同。而且[ angles ]部分2 3 366键角都明显不同。没具体结构文件没法说。
注意对比载入pdb和mol2文件时原子间连接关系判断的是否一致

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