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请问如何计算环糊精金属有机框架（CD-MOF-1）体系的原子电荷

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clh

发布时间: 2023-4-4 10:54

正文摘要:

尝试模拟环糊精金属有机框架（CD-MOF-1）与小分子的相互作用，根据文献Nanoporous Carbohydrate MetalOrganic Frameworks (doi: 10.1021/ja208224f)中所给出的CCDC号(773709)下载得到cif文件。目前仅会一点gromacs， ...

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bobosiji 发表于 Post on 2023-4-5 09:59:18

sobereva 发表于 2023-4-4 12:52
最耗时的过程是几何优化，还可能碰上难收敛
鉴于你是基于晶体结构，质量还说得过去，对于要求不高的情况， ...

楼主把葡萄糖和K+一起算，应该是要考虑它们之间的电荷转移了。请教3个问题：
1、看楼主的截图，算电荷时候应该没考虑环糊精金属有机框架（CD-MOF-1）的mof和环糊精之间的电荷转移；这个近似是否合理？
2、楼主最后一个截图，相当于从周期性的环糊精钾离子复合物里截取一个葡萄糖钾离子单元来算电荷，这个葡萄糖用H还是-CH3来封端呢？
3、进一步近似，直接算葡萄糖（不包含K+；即不考虑葡萄糖与K+之间的电荷转移）的电荷，然后用该电荷模拟环糊精钾离子相互作用，能否得到合理结果？
多谢提点~

clh 发表于 Post on 2023-4-4 21:33:32

本帖最后由 clh 于 2023-4-5 08:52 编辑

感谢老师，原子电荷算出来了。

sobereva 发表于 Post on 2023-4-4 12:52:19

最耗时的过程是几何优化，还可能碰上难收敛
鉴于你是基于晶体结构，质量还说得过去，对于要求不高的情况，直接拿第二个图里的结构在B3LYP/6-31G*下算个单点得到波函数文件，然后给Multiwfn算RESP电荷就完。小破笔记本也算得动

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