求助，用gromacs做蛋白和偶氮分子的动力学模拟，如何保持氮氮双键构型不变？

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发布时间: 2023-4-5 21:31

本帖最后由 ikun 于 2023-4-5 21:31 编辑我的课题涉及到一个Abeta40蛋白（PDB:1BA4）和一个偶氮大分子，两类构型与蛋白的结合模式都需要用gromacs探究并对比。当前我在模拟顺式偶氮分子与蛋白的结合模式中遇到 ...

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喵星大佬 发表于 Post on 2023-4-8 14:50:48

exity 发表于 2023-4-8 09:18
高能回到低能的情况我个人认为是能在分子力场里以“唯像”的形式表现出来的。
不是所有的能级变化都以辐 ...

并不，我指分子的热运动并不应该可以越过这个反应的能垒

而越过的原因是Amber/GAFF力场在这里采用的势函数在偏离平衡位置较远处误差过大

如果不想发生这样的翻转可以对这个偶氮的键额外添加谐振型二面角势以阻止其发生翻转

exity 发表于 Post on 2023-4-8 09:18:05

喵星大佬发表于 2023-4-8 02:37
但是不该在分子力场的模拟中反转，因为这中间应该涉及到电子激发问题，这并不属于力场的范围

高能回到低能的情况我个人认为是能在分子力场里以“唯像”的形式表现出来的。
不是所有的能级变化都以辐射的形式体现，黄昆因子不就为了量化这种事情吗？

喵星大佬 发表于 Post on 2023-4-8 02:37:00

exity 发表于 2023-4-7 20:41
顺式本来就具有较高的能量，弛豫到反式也很正常。

但是不该在分子力场的模拟中反转，因为这中间应该涉及到电子激发问题，这并不属于力场的范围

exity 发表于 Post on 2023-4-7 20:41:25

顺式本来就具有较高的能量，弛豫到反式也很正常。

喵星大佬 发表于 Post on 2023-4-5 22:20:56

你把双键的扭转力常数设大点或者干错改成谐振势就好了

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