非好汉 发表于 2023-5-3 18:38 我从来不记得任何人，或者帖子说过“这个opls力场不是tip4p-ice的御用力场吗” 但是把tip4p-ice作为水结冰的御用水模型，我倒是没有意见。 |
牧生 发表于 2023-5-3 18:29 大佬，这个opls力场不是tip4p-ice的御用力场吗，当时我记得是看了哪个帖子说的 |
非好汉 发表于 2023-5-3 16:23 经验之谈：直接全部用amber+gaff是非常非常非常明智的选择。 |
本帖最后由 非好汉 于 2023-5-3 17:20 编辑 牧生 发表于 2023-5-3 12:59 大佬，我前面使用的是知乎的tip4p-ice，那我如果使用sob老师的tip4p-ice模型（amber力场），放在opls力场下，;OW_ice 8 15.9994 0.0000 A 0.31668 0.88216 ;HW_ice 1 1.0080 0.0000 A 0.0 0.0 我将这两行修改成opls_830 OW 8 15.9994 0.000 A 3.16680E-01 8.82160E-01 opls_831 HW 1 1.0080 0.000 A 0.00000E+00 0.00000E+00 opls_832 MW 0 0.0000 0.000 D 0.00000e+00 0.00000e+00 且加入MW， 这样的形式放入oplsaa文件夹下的ffnonbonded.itp中，然后把tip4p-ice.itp中的atoms下修改为 [ atoms ]; id at type res nr res name at name cg nr charge mass 1 opls_830 1 SOL OW 1 0 16.00000 2 opls_831 1 SOL HW1 1 0.5897 1.00800 3 opls_831 1 SOL HW2 1 0.5897 1.00800 4 opls_832 1 SOL MW 1 -1.1794 0.00000 这样，是不是就可以了，还需要修改什么吗？（这里有个疑问ffnonbonded.itp中三个原子的电荷都设为0，但是ffnonbonded.itp中的atoms下的电荷不为0，这在gromacs运行时会采用哪个） |
非好汉 发表于 2023-5-3 04:20 嗯，我又了解了一下，感觉宏观水冻结速率慢可能主要还是传热原因。估计就是水里有其他溶质分子造成的，即使溶质分子不多、对冰点降低的作用不大，但是仍然有可能从动力学上显著抑制结冰 |
本帖最后由 牧生 于 2023-5-3 13:15 编辑 非好汉 发表于 2023-5-3 11:29 要不，你再读一下我发的内容？？
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牧生 发表于 2023-5-2 16:19 大佬，就是知乎那个教程改的，没有别的分子，结冰速率好慢，知乎文章用了300ns才结了一点冰，和文献对不上，多篇文献都说明，结冰速率0.7埃/ns左右，如https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.langmuir.8b01903 |
wzkchem5 发表于 2023-5-2 15:21 大佬，我看了好几篇文献在260K下结冰速率都挺快，比如https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.langmuir.8b01903，能达到0.7埃/ns左右 |
本帖最后由 牧生 于 2023-5-2 17:27 编辑 非好汉 发表于 2023-5-2 10:43 如果你用的是知乎那个水结冰教程里的参数，且结合了opls力场，你的溶液里面还有别的什么分子？？？那么结冰就是比较慢。 如果你用sob在论坛里发过的那个tip4p-ice.itp，且因为你已经加了冰的晶胞，结冰就很快很快，几十ns就非常明显的结冰。 http://bbs.keinsci.com/thread-32973-1-1.html 第三楼 |
本帖最后由 wzkchem5 于 2023-5-2 15:45 编辑 非好汉 发表于 2023-5-2 03:43 结冰很慢是正常现象。 由常识知，一瓶水放在260K（-13℃）环境下，一个小时才冻结实是很正常的（可能长一些可能短一些，但是这里只需要一个数量级的估计）。也就是一个小时冻5cm左右，为方便计算假设冻3.6cm，那么一秒冻10μm。你的盒子有一半是水，大概3nm宽，考虑到可以从四周往中心冻，所以只需要冻1.5nm厚的冰即可完全冻上，也就是需要150μs。 当然这个数值可能会高估结冰所需时间，因为宏观量的水的传热问题可能比较显著一些，但是大体上和你观察到的30ns只结了一点冰是吻合的。 |
动力学 发表于 2023-4-29 17:30 用的genice获取的，在260K，1bar下，结冰速率很慢，正在找原因 |
老师您好 请问您的冰模型是从哪里获得的啊？从genice这个程序嘛？在模拟的过程中温度设置为260K水分子的运动能力是不是很弱啊。我的模拟水分子动起来的概率非常低 |
牧生 发表于 2023-4-11 12:19 谢谢大佬，然后我看到您的帖子http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 5&highlight=npt 有几个问题想请教一下，问题一. gen_vel = no 没有给初速度，这个需要给吗，我的是在 nvt 给的 gen_vel = yes , gen_temp = 260 , gen_seed = -1 ，npt 和 md 给的 gen_vel = no ， 这个有影响吗？或者说什么时候该给初速度，什么时候可以不用给？问题二.ATOM 1 H00 YIS A 1 41.577 22.915 4.237 1.00 0.00 H （这是hunhewu.pdb的其中一行） ，我不是很清楚1.00和0.00所代表的物理意义，想大佬解惑一下。问题三.1YIS H00 1 4.158 2.292 0.424（这是hunhewu.gro的其中一行），也没有速度，所以想知道，如果设置了gen_vel = no，怎么生成速度。 |
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1.不影响 2.只要是TIP4PICE水模型，一定会结冰。30 ns或许不够。 3.NPT是自发调节盒子到合理的大小，不要自己去改 4.不影响 |
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