pdb2gmx_mpi_d将pdb文件转换为gro文件报错

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发布时间: 2023-4-11 16:43

利用命令pdb2gmx_mpi_d将四氢呋喃（醚类）转换为相应的gro文件并生成相应的ndx文件等，报错：Residue '2SX2' not found in residue topology database。将其对应的rtp信息放入aminoacids.rtp 文件，同时也将ffno ...

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khu910 发表于 Post on 2023-4-17 10:49:06

sobereva 发表于 2023-4-11 17:30
加入rtp就完了。

不用管那提示

好的，谢谢

sobereva 发表于 Post on 2023-4-11 17:30:35

加入rtp就完了。

不用管那提示
四氢呋喃之类分子体系根本没必要用pdb2gmx。直接用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生拓扑文件，然后include到体系的top里就完了

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