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力场分配的原子类型识别问题

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zaqxs234

发布时间: 2023-4-11 18:12

正文摘要:

最近在阅读各个力场参数文件，想写一套分子力场原子类型识别算法，把常用的分子力场都包括进来。过程中发现同一元素的原子分配具有一定的优先级，但是我看很多力场的原始文件里并没有给出优先级顺序，这种情况一般根 ...

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slxc920113 发表于 Post on 2023-4-19 13:24:42

我们开发了一个力场辅助工具，支持原子类型的识别，识别规则和优先级都是是我们花了大量的精力，人工基于原始文献慢慢整理出来的，虽然不一定完全正确，但是支持的力场类型还是比较多的。欢迎免费使用：https://cloud.hzwtech.com/web/personal-space/auto-ff/all-atom

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zaqxs234 发表于 Post on 2023-4-12 15:14:10

sobereva 发表于 2023-4-12 11:53
可以参考Ambertools里的atomtype的代码及涉及到的相关文件，有不少细节，可以指认GAFF和AMBER原子类型

好的，谢谢社长指点，我去学习一下

sobereva 发表于 Post on 2023-4-12 11:53:45

可以参考Ambertools里的atomtype的代码及涉及到的相关文件，有不少细节，可以指认GAFF和AMBER原子类型

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