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本帖最后由 Eternal 于 2025-11-20 14:29 编辑 楼主提供的Step_1.txt1是不是可以完善一下,Step_1.txt1末尾改为 2 4 0 -1 -1 q 不改的话会提示forrtl: severe (24): end-of-file during read, unit -4, file CONIN$ |
sobereva 发表于 2025-10-20 00:16 好的老师 我完整看一遍 谢谢 |
〇66 发表于 2025-10-19 11:35 把我前面提到的601博文完整看一遍,99%的描述符是什么含义、怎么算的,你应该就能了解了,剩下的极少数糊涂的可以发帖问楼主 |
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-10-19 12:01 原来是这样,感谢你耐心详细的解答,我目前还没有python基础,那后续找别的描述符的物理意义感觉也是怪麻烦的==只能一个帖子一个帖子的盯对了。 |
本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ 于 2025-10-19 12:02 编辑 〇66 发表于 2025-10-19 11:35 完全找错地方了,这种变量名并不是社长的multiwfn直接输出的而是楼主自定义于脚本的,得到MultiwfnMLhelper.py里面找并结合python知识理解。实际上第1页就有列表但格式不工整且解释不完善。这个关键词对应的部分代码是
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sobereva 发表于 2025-10-19 05:39 是的老师,我是在这个帖子http://sobereva.com/426和手册里ctrl+F搜索“Mol_Size_2”这个关键词,但是没有找到对应的地方。想着后续其他描述符在不知道物理意义的情况下,查找起来可能不是很方便。谢谢您的回复。
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〇66 发表于 2025-10-18 17:29 我的博文里有,手册里也有 使用Multiwfn计算分子的长宽高以及显示分子的主轴 http://sobereva.com/426(http://bbs.keinsci.com/thread-10226-1-1.html) 下文也提到了 Multiwfn可以计算的分子描述符一览 http://sobereva.com/601(http://bbs.keinsci.com/thread-23729-1-1.html) Multiwfn能计算分子的长、宽、高,见《使用Multiwfn计算分子的长宽高以及显示分子的主轴》(http://sobereva.com/426)。 |
sobereva 发表于 2023-4-12 11:42 感谢卢老师和楼上老师的整理,我这里还想请教一下,每个描述符都是英文字母,可能不太清楚他的物理意义是什么,想要具体了解的话,有没有一个简便的形式可以看到他对应解释的链接。比如16. Mol_Size_2这个描述符,我在这个帖子中对应的每个帖子和multiwfn手册中进行检索还是没找到,查找起来也比较麻烦一点。问问有没有什么简便的方式能一下知道对应描述符多物理意义或者解释,谢谢老师。 |
| 你好,请问这个exe文件是不是没有办法直接生成CSV表格呀?我使用exe文件只生成了txt文件 |
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整理了一下提取的描述符的单位,不知道是否匹配 基本分子信息 1. 原子数量 (atom_num) 无单位 2. 分子量 (weight) Da 3. HOMO能量和轨道编号 (homo, homo_number) energy: a.u. 4. LUMO能量 (lumo) energy: a.u. 5. HOMO-LUMO能隙 (homo_lumo_gap) a.u. 轨道离域化指数 (ODI) 6-9. ODI值 (odi_homo_1, odi_homo, odi_lumo, odi_lumoadd1) 无单位 分子形状参数 10. 最远距离 (farthest_distance) Angstrom 11. 分子半径 (mol_radius) Angstrom 12. 分子三边长度 (mol_size) Angstrom 13. 分子平面度参数 (mpp) Angstrom 14. 平面偏差跨度 (sdp) Angstrom 15. 偶极矩 (dipole_moment) Debye 16. 四极矩 (quadrupole_moment) e·a₀² 17. 八极矩 (octopole_moment) e·a₀3 18. 体积 (volume) Bohr^3 19. 密度 (density) g/cm^3 20. ESP最小值和最大值 (espmin, espmax) kcal/mol 21. 整体表面积 (overall_surf_area) Bohr^2 22. 正表面积 (pos_surf_area) Bohr^2 23. 负表面积 (neg_surf_area) Bohr^2 24. 整体平均值 (overall_ave) a.u. 25. 正平均值 (pos_ave) a.u. 26. 负平均值 (neg_ave) a.u. 27. 整体方差 (Over_var) a.u.^2 28. 电荷平衡 (nu) 无单位 29. 内部电荷分离 (Pi) a.u. 30. 分子极性指数 (MPI) eV 31. 非极性表面积比例 (nonpolar_area) % 32. 极性表面积比例 (polar_area) % 33. ALIE最小值和最大值 (aliemin, aliemax) eV 34. ALIE平均值 (alie_ave) a.u. 35. ALIE方差 (alie_var) a.u.^2 36. LEA最小值和最大值 (leamin, leamax) eV 37. LEA平均值 (lea_ave) a.u. 38. LEA方差 (lea_var) a.u.^2 |
| 参与人数Participants 1 | eV +5 | 收起 理由Reason |
|---|---|---|
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| + 5 | 赞! |
liyuanhe211 发表于 2023-4-12 11:41 老师,我想问下。Ionization energy, electron affinity, hardness, electronegativity, electrophilicity 这些对应您代码的哪个参数 |
| 你好 !想请问下计算后 只有txt输出文件,没有描述符信息汇总是为啥 |
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不应该超过一个小时,加入一个小分子在正常电脑的话 |
| 老师您好,这个一个fchk文件运行的时间大概是多少合适,感觉等了好久 |
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