关于使用VMD的Hydorgen Bonds插件计算平均氢键数目问题

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发布时间: 2023-4-11 19:52

各位老师晚上好，最近在学习使用VMD计算分子周围的平均氢键数目，截取了轨迹中的一帧，如图一，现在遇到一个比较奇怪的问题，我想计算-OH基团的氢键数目，那么就应该先计算羟基基团上H原子（图1 中突出显示了，原子 ...

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秋心 发表于 Post on 2023-4-12 16:26:45

sobereva 发表于 2023-4-12 12:46
记得给体重原子和H同时选上才能被视为氢键给体

好的，谢谢卢老师

sobereva 发表于 Post on 2023-4-12 12:46:41

记得给体重原子和H同时选上才能被视为氢键给体

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