konosuba 发表于 2025-6-26 23:51
distance是不是还有一个缺陷，那就是要求水盒子的最小轴> 2*拉伸距离，因为distance的设置下，多肽的拉伸过 ...

是的, 不管是distance还是direction其实都有这个问题

distance是不是还有一个缺陷，那就是要求水盒子的最小轴> 2*拉伸距离，因为distance的设置下，多肽的拉伸过程中方向一直在变导致实际上就要求最短轴也应该满足周期性边界条件，结果就是水盒子会特别大，我这个理解对吗？

FrancisCho 发表于 2025-4-26 14:53
老师您好，我想请教一下，我做的体系是阴阳离子穿越一个纳米孔膜，在每一次使用官方教程跑伞式采样的时候左 ...

看我发的另一个帖子

老师您好，我想请教一下，我做的体系是阴阳离子穿越一个纳米孔膜，在每一次使用官方教程跑伞式采样的时候左右两边的曲线高度差异较大，可是理论上应该左右对称，不知道问题出在哪里。我采样的方法是将阳离子坐标修改为能穿过纳米孔中心，在XY方向上固定，仅Z方向不固定，使用如下Pull Code进行Steered-MD：
; Pull code
pull                    = yes
pull_ncoords            = 1         ; only one reaction coordinate
pull_ngroups            = 2         ; two groups defining one reaction coordinate
pull_group1_name        = NA
pull_group2_name        = O
pull_coord1_type        = umbrella  ; harmonic potential
pull_coord1_geometry    = direction-periodic  ; simple distance increase
pull_coord1_dim         = N N Y
pull_coord1_groups      = 1 2
pull_coord1_start       = yes       ; define initial COM distance > 0
pull_coord1_rate        = 0.001       ; restrain in place
pull_coord1_k           = 4000      ; kJ mol^-1 nm^-2

使用gmx trjconv -f pull.xtc -s pull.tpr -o pull.pdb
接下来使用脚本输出阳离子每一帧的Z坐标（XY坐标固定不变），然后没间隔1埃米取样
gmx grompp -f npt_umbrella.mdp -c conf0.gro  -p topol.top -r conf0.gro    -n index.ndx     -o npt0.tpr     -maxwarn 1
gmx grompp -f npt_umbrella.mdp -c conf47.gro  -p topol.top -r conf47.gro   -n index.ndx    -o npt1.tpr     -maxwarn 1
gmx grompp -f npt_umbrella.mdp -c conf24.gro  -p topol.top -r conf24.gro   -n index.ndx    -o npt2.tpr    -maxwarn 1
gmx grompp -f npt_umbrella.mdp -c conf215.gro  -p topol.top -r conf215.gro   -n index.ndx    -o npt3.tpr    -maxwarn 1
gmx grompp -f npt_umbrella.mdp -c conf258.gro  -p topol.top -r conf258.gro   -n index.ndx  -o npt4.tpr    -maxwarn 1
gmx grompp -f npt_umbrella.mdp -c conf347.gro  -p topol.top -r conf347.gro   -n index.ndx  -o npt5.tpr    -maxwarn 1
gmx grompp -f npt_umbrella.mdp -c conf458.gro  -p topol.top -r conf458.gro  -n index.ndx   -o npt6.tpr    -maxwarn 1

······
不知道是不是我的力常数设置太大还是取样不均匀的问题，一直以来都是左右不对称，望能得到您的解答

老师您好，阅读了您的讲解颇受启发，请问如果是复合物，希望客体分子“在规定的路径上”进入主体分子，那这个“规定的路径”该如何设置呢？

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chanchan 发表于 2023-7-4 16:11
您好，我想请问下博主在distance类型中是如何设置虚拟粒子的呢

虚拟粒子，请查看我发的最新的实例教程

您好，我想请问下博主在distance类型中是如何设置虚拟粒子的呢

吹梦到西洲 发表于 2023-5-23 21:45
非常感谢，另外想请问一下分子穿过膜中通道的时候 应当怎么设置呢 如何让它能穿过通道 是要先在Z方向上对齐 ...

可以对齐，可以试试direction的那个代码

非常感谢，另外想请问一下分子穿过膜中通道的时候 应当怎么设置呢 如何让它能穿过通道 是要先在Z方向上对齐吗

牛