请教小分子跨膜运输伞形采样窗口模拟问题

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发布时间: 2023-4-15 19:49

大家好，我想请教一下小分子跨膜运输过程中通过伞形采样计算过膜PMF中所遇到的问题。在对一个采样窗口进行模拟时，首先将窗口conf2.gro进行了1ns的NPT平衡,得到npt2.gro，然 ...

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熊小熊 发表于 Post on 2023-4-17 09:45:12

Acee 发表于 2023-4-17 09:06
正常的，因为一开始pull过程，把你这个分子拉到了高势能状态。你单独把这个conf拿来做ubias模拟，体系自然 ...

好勒，感谢，如果这样的话，窗口距离就和采样时的距离出现偏移了阿，这种情况只有增加采样呗。

Acee 发表于 Post on 2023-4-17 09:06:02

本帖最后由 Acee 于 2023-4-17 09:07 编辑

正常的，因为一开始pull过程，把你这个分子拉到了高势能状态。你单独把这个conf拿来做ubias模拟，体系自然就会像周围低势能状态运动

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