cokie 发表于 2023-12-6 08:18
请问老师，ORCA在运算时所调用的内存会偶尔超出所设定的内存吗？比如我在同一个64核256GB的节点上同时运 ...

是有可能的，但不会超太多。此外注意操作系统以及杂七杂八的后台程序也在消耗内存，所以判断maxcore最大设多少的时候，应当以当前空闲物理内存为准，而不是以总物理内存为准，再留大概20%余量即可

wzkchem5 发表于 2023-4-17 17:09
同一个节点上跑了其他任务吗？你这个计算指定的内存太多了，如果跑了其他占内存比较多的任务，可能内存会不 ...

请问老师，ORCA在运算时所调用的内存会偶尔超出所设定的内存吗？比如我在同一个64核256GB的节点上同时运行两个设置均为：maxcore 3750 pal nprocs 32的任务，时不时就会自己杀掉，显示内存不足，按说两个任务加起来才240GB的内存使用量。使用Gaussian时，同时跑两个32核/120GB的任务并不会出现这种内存不够的情况。

dizzy 发表于 2023-5-15 14:51
工程师好像重新安装了一下

感谢回复，我的问题也解决啦。之前修改环境变量source .bashrc后还是报错，但退出终端重登之后环境变量就生效了

shenmh3 发表于 2023-5-10 11:56
你好，请问问题解决了吗？我也遇到这个问题了

工程师好像重新安装了一下

你好，请问问题解决了吗？我也遇到这个问题了

abin 发表于 2023-4-17 18:55
64核心能不能跑？

不行，还是同样的问题

64核心能不能跑？

dizzy 发表于 2023-4-17 17:12
执行文件加了#SBATCH -e err.%j
err文件输出：
[h17r4n28:14306] *** Process received signal ***

可以找一下系统默认的coredump文件在哪（这个不同系统不一样，可以谷歌一下）然后看backtrace。
如果找不到coredump，可以用gdb运行orca，或者找一下本地有没有libSegFault.so（“find / -name libSegFault*”）如果有的话在LD_PRELOAD环境变量里加上它的完整路径（之后运行出现segfault就在stderr里面有backtrace）。

wzkchem5 发表于 2023-4-17 17:09
同一个节点上跑了其他任务吗？你这个计算指定的内存太多了，如果跑了其他占内存比较多的任务，可能内存会不 ...

只有这一个任务

wjc404 发表于 2023-4-17 16:59
从你脚本的内容看，标准输出stdout在$WORKDIR/$job.out中，而标准错误stderr会在该脚本运行的命令行界面打 ...

执行文件加了#SBATCH -e err.%j
err文件输出：
[h17r4n28:14306] *** Process received signal ***
[h17r4n28:14306] Signal: Segmentation fault (11)
[h17r4n28:14306] Signal code: Address not mapped (1)
[h17r4n28:14306] Failing at address: (nil)
[h17r4n28:14306] [ 0] /lib64/libpthread.so.0(+0xf5d0)[0x2ace2aa0f5d0]
[h17r4n28:14306] *** End of error message ***
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 465]:
  .... aborting the run

同一个节点上跑了其他任务吗？你这个计算指定的内存太多了，如果跑了其他占内存比较多的任务，可能内存会不足。
这个计算没必要给那么多内存，DFT计算不需要这么多内存

从你脚本的内容看，标准输出stdout在$WORKDIR/$job.out中，而标准错误stderr会在该脚本运行的命令行界面打印。现在需要stderr的内容来更好地判断错误的原因。