johngu111 发表于 2023-4-19 10:41
老师，我发现GView里面没有M06-2X和PWPB95等泛函，是不是直接修改gif里的关键词就可以？

对，但M06-2X的关键词叫M062X（没有那个横杠），PWPB95需要用orca算

johngu111 发表于 2023-4-19 11:20
老师，您说的这个构型搜索和高斯中的opt过程有什么区别呢，opt+freq不也是寻找最低能量的无虚频构型吗？ ...

仔细阅读http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html

wzkchem5 发表于 2023-4-18 15:29
有几个问题：（1）必须做构型搜索，初始构型不能随便用手摆；（2）必须加色散校正；（3）如果溶剂是不太 ...

老师，您说的这个构型搜索和高斯中的opt过程有什么区别呢，opt+freq不也是寻找最低能量的无虚频构型吗？我是先做构型搜索，再用最小能量的构型做opt+freq吗？不太理解这里面的联系和区别

wzkchem5 发表于 2023-4-18 15:29
有几个问题：（1）必须做构型搜索，初始构型不能随便用手摆；（2）必须加色散校正；（3）如果溶剂是不太 ...

老师，我发现GView里面没有M06-2X和PWPB95等泛函，是不是直接修改gif里的关键词就可以？

wzkchem5 发表于 2023-4-18 15:29
有几个问题：（1）必须做构型搜索，初始构型不能随便用手摆；（2）必须加色散校正；（3）如果溶剂是不太 ...

老师我看GV里面没有M06-2X和PWPB95等泛函的选项，是不是直接在输入文件里改泛函的关键词就行了？

wzkchem5 发表于 2023-4-18 15:29
有几个问题：（1）必须做构型搜索，初始构型不能随便用手摆；（2）必须加色散校正；（3）如果溶剂是不太 ...

谢谢老师的耐心解答，我大概知道怎么做了，我自己继续研究研究。

johngu111 发表于 2023-4-18 04:55
根据您的建议，我想尝试一下计算吸附剂的季胺单元与硝酸根离子的结合自由能，列出了如下方案：
一.使用B ...

有几个问题：（1）必须做构型搜索，初始构型不能随便用手摆；（2）必须加色散校正；（3）如果溶剂是不太弱的氢键给体（例如至少有水、醇那么强），必须对NO3-做显式溶剂化；（4）opt和freq的基组可以考虑大一点，例如6-311G**，毕竟体系小，算得动；氧最好加弥散；（5）NO3-是平面的，初始结构应该画成平面。此外注意Gcorr最好用Shermo算（或者用orca做opt和freq计算），而非读高斯输出的值，因为高斯的RRHO方法对于弱相互作用体系不准。
吸附剂整体有多大？一般来说，与其截断，不如用QM/MM、ONIOM等方法近似考虑吸附剂其他基团的影响。不然你截断引入的误差可能都远大于计算方法误差了，虽然用PWPB95但是精度远达不到PWPB95的实际精度。
用ORCA算，不算太慢。如果选择精度低的泛函和基组，你得做好说服审稿人的准备，万一审稿人问你为什么不用PWPB95等双杂化泛函，你得能回答才行，又不能以”高斯里没有PWPB95“、”高斯算双杂化泛函的功能做得不好“为理由，毕竟orca是免费的，你没道理不用。如果说你实际试了一个双杂化泛函计算，发现确实跑不动，这个倒可以算一个理由，但这就意味着你必须做至少一个双杂化泛函计算。

johngu111 发表于 2023-4-17 16:19
谢谢老师提供的资料，但我记得之前用高斯算结合能的时候也是用opt+freq计算的，优化出的构型不也是无虚频 ...

读取的量不一样，能量和自由能不是从同一个地方读的。
另外还有一个问题：一般建议在更高理论级别下算单点能，加上opt+freq级别下的自由能校正得到自由能。而不是在opt+freq级别下直接读取自由能

wzkchem5 发表于 2023-4-17 22:56
因为实验看结合强度用的是K，dG = -RTlnK，所以dG和K直接相关。但你没办法把结合能dE表示成K的函数，所以 ...

谢谢老师提供的资料，但我记得之前用高斯算结合能的时候也是用opt+freq计算的，优化出的构型不也是无虚频的最低能量构型吗？跟这个自由能计算模式有什么本质的区别？

johngu111 发表于 2023-4-17 14:57
我看文献里有机吸附体系中这种单体筛选的计算，一般都是用的结合能，这里为什么用结合自由能更好呢，老师 ...

因为实验看结合强度用的是K，dG = -RTlnK，所以dG和K直接相关。但你没办法把结合能dE表示成K的函数，所以dG显然比dE更适合解释实验的结合强度。
有些文章用结合能是因为：（1）结合能好算，不需要算频率也能拿到一个数据（但这个数据是不严格的，见下）；（2）当用RRHO计算自由能时，自由能受数值误差影响较大，容易算不准（N. B. Andrea, W. Steven, ChemRxiv 2019）。但是如果不算频率的话，第一没法做零点能校正，第二（也是更重要的一点）没法确认这个结构没有虚频，所以严格来说算出来的结合能本身都不是严格的。而RRHO计算自由能不准的问题也可以通过改用Shermo（http://sobereva.com/552）读取高斯的输出文件重新算自由能，或者改用ORCA做计算的方法来解决。所以某些高斯用户用结合能来做筛选的做法，要么是图计算快而牺牲了严谨性，要么是不会用Shermo或ORCA，脱离时代了。

wzkchem5 发表于 2023-4-17 21:28
嗯，假设平衡浓度都一样也可以，假设初始浓度都一样也可以

我看文献里有机吸附体系中这种单体筛选的计算，一般都是用的结合能，这里为什么用结合自由能更好呢，老师这里有相关的帖子或者文献供我学习一下吗？

johngu111 发表于 2023-4-17 14:12
哦哦，谢谢老师，是我弄错了，平衡常数的分母是单体和目标分子的平衡浓度，您说的浓度相等都是假设同一平 ...

嗯，假设平衡浓度都一样也可以，假设初始浓度都一样也可以

wzkchem5 发表于 2023-4-17 20:51
搞清楚平衡常数和结合比例的区别。把平衡常数的公式写出来，和结合比例的公式对比

哦哦，谢谢老师，是我弄错了，平衡常数的分母是单体和目标分子的平衡浓度，您说的浓度相等都是假设同一平衡浓度的情况下，然后对比K1、K2、K3的比例，取K1最大的单体就是最优单体对吧