使用cp2k产生的.cube文件绘制电子密度差图时遇到问题

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发布时间: 2023-4-20 18:24

本帖最后由吞木木于 2023-4-20 18:22 编辑各位老师好：我在根据卢天老师帖子 http://sobereva.com/638 做练习，跟着帖子里的步骤很顺利的得到了结果图，我画出的图跟帖子里的几 ...

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lisasever 发表于 Post on 2023-9-12 09:26:30

sobereva 发表于 2023-9-11 22:16
一看风格就知道是VESTA

好的，谢谢sob老师

sobereva 发表于 Post on 2023-9-11 22:16:26

lisasever 发表于 2023-9-11 16:54
你好，我最近也在做这个算例，能问问你是用啥软件显示的等值面吗？

一看风格就知道是VESTA

lisasever 发表于 Post on 2023-9-11 16:54:44

你好，我最近也在做这个算例，能问问你是用啥软件显示的等值面吗？

吞木木 发表于 Post on 2023-4-21 10:09:05

sobereva 发表于 2023-4-21 02:59
你这么改坐标显然没有任何意义，cube里的格点数据又不会发生改变

必须给CP2K用的输入文件里的坐标就得 ...

谢谢老师指导，已经排除原因了，是因为输入文件里多了下边的参数导致的。
&CENTER_COORDINATES #Centering the atoms in the box
&END CENTER_COORDINATES

sobereva 发表于 Post on 2023-4-21 02:59:19

吞木木发表于 2023-4-20 21:38
谢谢老师的回答，刚才做了一下单纯的只减去吸附分子结果，发现确实是cube文件里原子坐标没有对齐导致的。 ...

你这么改坐标显然没有任何意义，cube里的格点数据又不会发生改变

必须给CP2K用的输入文件里的坐标就得一致，而且做不令坐标产生改变的任务，诸如不能是优化任务。通常都是先优化整体结构，然后基于优化完的整体的坐标，对每个片段单独算单点的时候得到各自的cub文件

sobereva 发表于 Post on 2023-4-20 19:04:40

大概率是三个cube文件里原子坐标不对应所致

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