维维最爱小黄人 发表于 2016-8-6 20:01
我得到的回信内容如下，按照工程师给的建议进行修改，计算没有再出错。贴出来，给与我遇到相同问题的孩纸一 ...

您好 我的体系报错也出现了同样的问题 由于我计算的体系是MOF  晶体堆积起来之后所有分子全部连接在一起了 变成了一个整体 请问这个时候应该怎么处理呢

您好 可以麻烦您看一下附件  出现截图上面的情况  能否用你提出的这种解决方案呢

我得到的回信内容如下，按照工程师给的建议进行修改，计算没有再出错。贴出来，给与我遇到相同问题的孩纸一个参考。
出现这样的错误是因为ONIOM中冻结原子时，Low Layer的Link atoms和对应High Layer里的原子需要使用相同的处理方式。因此，如果需要冻结所有Low Layer的原子，那么或者同时冻结Link atom连接的High Layer里的原子，或者取消冻结Link atoms。
这样处理的原因是，当您使用H替代O时，Si-O和Si-H的键长并不相同。因此，Gaussian不是直接在原来O的位置上用H替换，而是 在原先的Si-O之间加上H，将Si-O键长乘以一个系数作为Si-H键长。您可以在输出文件中找到如下内容：

ONIOM: Cut between O /H    15 and Si  132 factor= 0.862226 0.862226
ONIOM: Cut between O /H    89 and Si  203 factor= 0.862226 0.862226
ONIOM: Cut between O /H   126 and Si  132 factor= 0.862226 0.862226

因此，Link atom连接的High Layer里的原子和Link atom应该作为一个整体来处理。或者都冻结，或者都不冻结。

此外，另一种方法是，默认QM:MM体系，MM部分使用MicroIteration，能显著加速大体系的计算速度。对于中等大小( <300个原子)的体系，可以使用Opt=NoMicro来取消MicroIteration，也能避免上述问题。（推荐使用前一种方法，即将 link atom和连接的原子一起处理）

好的，谢谢老师

维维最爱小黄人 发表于 2016-7-5 21:05
老师，在发送邮件之前需要填写很多信息，是不是需要拥有版权才可以？师兄跟我说他只知道我们有G03的版权 ...

你最后发文章，用了g09也得买g09啊
或者你单位填个买了g09的单位
没有额外要求，很好填
http://www.gaussian.com/g_tech/em_help_cn.htm

sobereva 发表于 2016-7-4 16:15
属于Gaussian bug，建议把输入输出文件发到Gaussian中文答疑邮箱

老师，在发送邮件之前需要填写很多信息，是不是需要拥有版权才可以？师兄跟我说他只知道我们有G03的版权，G09可能没有，但现在用的是G09。如果有版权问题，是不是不能给人发邮件呢？

好的，谢谢sob老师

属于Gaussian bug，建议把输入输出文件发到Gaussian中文答疑邮箱