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gaussian算有机酸的质子转移到胺上的过渡态，但寻找了很久的过渡态都linked died了

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zdfbit

发布时间: 2023-4-21 20:25

正文摘要:

刚接触gaussian，想利用它来算过渡态，是一个有机酸的质子转移到胺上，溶剂为水，但寻找了很久的过渡态都linked died了。 gif文件 %chk=C:\Users\Administrator\Desktop\ZDF\HMDACOOH-HMDA-9.chk %nprocshared=4 ...

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zdfbit 发表于 Post on 2023-4-25 18:27:22

mfdsrax2 发表于 2023-4-25 09:43
在Windows下算的话，直接选Submit提交就行

好！！！感谢！！

zdfbit 发表于 Post on 2023-4-25 18:27:00

北大-陶豫发表于 2023-4-25 09:50
那你更新一下GView吧，我的版本是6.0.16
另外，像楼上说的那样，先保存为 gjf 文件，再提取坐标，也是可 ...

好嘞！！感谢感谢

北大-陶豫 发表于 Post on 2023-4-25 09:50:47

zdfbit 发表于 2023-4-25 08:48
是我的Gview版本太低了吗，为什么没有，我的是5.0版本

那你更新一下GView吧，我的版本是6.0.16
另外，像楼上说的那样，先保存为 gjf 文件，再提取坐标，也是可以的

mfdsrax2 发表于 Post on 2023-4-25 09:43:22

zdfbit 发表于 2023-4-25 08:48
是我的Gview版本太低了吗，为什么没有，我的是5.0版本

在Windows下算的话，直接选Submit提交就行

北大-陶豫 发表于 Post on 2023-4-24 22:08:17

zdfbit 发表于 2023-4-24 16:46
您好，老师，我按照您说的做了，并没有看到preview呢，也没找到坐标。

在这里

zdfbit 发表于 Post on 2023-4-24 16:46:01

北大-陶豫发表于 2023-4-23 00:08
把out文件用GView打开，找到优化的最后一步（一般默认都是这样），然后 ctrl+G，然后点 preview，就得到 ...

您好，老师，我按照您说的做了，并没有看到preview呢，也没找到坐标。

北大-陶豫 发表于 Post on 2023-4-23 00:08:03

zdfbit 发表于 2023-4-22 15:15
感谢回答！！！是out文件中最后一步的坐标么

把out文件用GView打开，找到优化的最后一步（一般默认都是这样），然后 ctrl+G，然后点 preview，就得到坐标了，把它复制进输入文件就行了。

zdfbit 发表于 Post on 2023-4-22 15:15:05

北大-陶豫发表于 2023-4-22 11:41
输出文件最后不是说得很清楚了吗？ Linear angle in Bend.
高斯优化是在冗余内坐标下优化的（优化的变量是 ...

感谢回答！！！是out文件中最后一步的坐标么

北大-陶豫 发表于 Post on 2023-4-22 11:41:57

输出文件最后不是说得很清楚了吗？ Linear angle in Bend.
高斯优化是在冗余内坐标下优化的（优化的变量是键长键角二面角等），如果有一个角度是180°，之后弯折它的时候就不知道往哪边弯折，就报这个错。
解决方法是重新导出一下结构优化最后一步的直角坐标，贴进输入文件，高斯会重新生成一次内坐标，就可以避开这个问题，继续优化。

zdfbit 发表于 Post on 2023-4-22 08:52:35