gmx_MMPBSA计算多肽/DNA结合能合理性判断

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发布时间: 2023-4-22 23:40

老师们好！我使用gmx_MMPBSA计算了多肽/DNA结合能，如下 DNA带有强烈的负电，多肽侧链是正电荷，两者具有强烈的相互吸引作用，所以电荷作用很强（图中也是这样的），这里ΔEPB值也很大。 1.我想问一下这样算出 ...

回复 Reply

喵星大佬 发表于 Post on 2024-3-13 16:56:59

核算体系带那么多电荷别用GBSA，基本属于扯淡

xsc6 发表于 Post on 2024-3-13 16:32:37

2535882172 发表于 2024-3-7 22:53
请问您是将多肽当作蛋白质来跑，还是当作小分子配体计算出小分子拓扑来跑呀

amber力场库里面有多肽的参数的呀

2535882172 发表于 Post on 2024-3-7 22:53:45

请问您是将多肽当作蛋白质来跑，还是当作小分子配体计算出小分子拓扑来跑呀

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