Entropy.S.I 发表于 2023-4-24 16:44 好的3q老师 |
okle666666 发表于 2023-4-24 14:51 NPT涉及到控压，RMSD比NVT大一些很正常。尽量用NPT，我之前还以为你要模拟超过100℃的情况才特意选用NVT… |
Entropy.S.I 发表于 2023-4-23 18:47 老师 对于温敏蛋白的这种体系 要做不同温度下蛋白rg 是不是应该用npt呢 目前跑一组npt 1000ns rmsd波动性比nvt系综更大 所以很疑惑 |
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有人知道后面怎么办可以不出错吗 cpu并行计算 |
| 6个节点跑，有些组体系也会莫名其妙崩 cpu并行毛病这么多吗 就这种简单体系 难道还是体系参数设置或者系综选择？ |
Entropy.S.I 发表于 2023-4-23 18:47 找到最合适的节点 多谢多谢 |
本帖最后由 Entropy.S.I 于 2023-4-23 19:14 编辑 okle666666 发表于 2023-4-23 18:38 不知道你的CPU是什么，但是显然不合理，我前面说的双路6336Y节点，3个节点（144核）就能达到接近300ns/d 另外，log里面也已经明确提示了负载不均衡，所以应该尝试用较少节点，比如从1节点开始，直到增加节点数速度基本不增加 |
本帖最后由 Entropy.S.I 于 2023-4-23 18:29 编辑 okle666666 发表于 2023-4-23 18:09 这速度显然不合理，要么GMX编译有问题，要么节点间通信有问题。我用过双路Xeon 6336Y的节点，单节点48核，3个节点速度就超过2080Ti了。 update: 没必要用1fs，2fs足够，你遇到的不稳定靠调小dt没啥用。不过即使dt用1fs，你说的速度也明显不正常，建议先测试1~4个节点的性能，跑10万steps，看看多少ns/day。 |
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1fs 16节点512核要3.5days 如果节点更少 恐怕计算时间要更久 8节点256核估计要5天起步 目前充分多提交几次 等算输出稳定了是可以的 而且要很多组温度体系计算 目前想满足长时间少一些分子数的体系 就是为了可以2天左右时间算完 这种情况越到很多次了 谢谢你的回答 很苦恼这些东西 配合计算 也许欲速不达 |
okle666666 发表于 2023-4-23 17:56 节点数少用点，5万多原子的体系，边际效应来得很早，节点用多了也不会快很多，徒增不稳定性 |
Entropy.S.I 发表于 2023-4-23 17:53 说错了16个节点 512核 你说的gpu我也用过 很少出错 但是排不上队资源很少 这边优先推荐cpu 我们这边cpu用不完 |
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