求助gromacs模拟固体与水溶液表面的冻结问题

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发布时间: 2023-4-25 18:18

在做固体与水溶液表面模拟时，冻结了固体分子来观察水分子的排布情况，可是固定的部分原子发生了移动，这是什么原因导致的呢？谢谢解答

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PHOENIXHMX 发表于 Post on 2023-4-26 08:40:09

sobereva 发表于 2023-4-26 06:49
由于受力计算误差，体系整体可能逐渐发生轻微的（虚假的）平动，很正常的事
若无特殊情况，都应当用以下设 ...

好的，明白了，谢谢老师指导！

sobereva 发表于 Post on 2023-4-26 06:49:23

由于受力计算误差，体系整体可能逐渐发生轻微的（虚假的）平动，很正常的事
若无特殊情况，都应当用以下设置避免这种虚假的整体平动
comm-grps = system
comm-mode = linear

sobereva 发表于 Post on 2023-4-25 23:17:24

别在标题里自己写【GROMACS】这种标签，给你去了，以后注意！

Entropy.S.I 发表于 Post on 2023-4-25 19:29:58

先认真理解一下PBC

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