关于GROMACS模拟醇萃取硼酸的疑问

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发布时间: 2023-4-27 09:18

本帖最后由 tym1999 于 2023-4-27 09:17 编辑使用gromacs模拟醇萃取硼酸的过程，采用ATB分子库，获得了各个分子的pdb和itp文件（已给出），之后模拟了20ns,模拟正常结束且已平衡。采用VMD进行查看，发现模拟并没 ...

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zdworld 发表于 Post on 2023-4-27 14:46:35

动力学不能体现化学反应。

tym1999 发表于 Post on 2023-4-27 12:29:37

但是老师，硼酸好像不是极性分子，极性也会很强吗？萃取机理感觉像是硼酸与醇会发生类似酯化的络合反应，但是动力学模拟结果不知道为什么体现不出来萃取效果

sobereva 发表于 Post on 2023-4-27 11:21:22

本来就没理由能萃取得出来
硼酸极性这么强，明显更亲水

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