本帖最后由 木木大坏蛋 于 2024-3-28 20:36 编辑 gingaorb 发表于 2024-1-4 15:25 好久不见，今天刚看到消息，之前确实是没有打开LSD，当初修改之后可正常模拟了，还是很感谢回复  |
| 请问你的这个报错是不是没有打开LSD？ |
本帖最后由 木木大坏蛋 于 2023-12-21 17:16 编辑 gingaorb 发表于 2023-4-28 23:03 您好，我也是跑自由基，但是就算MULTIPLICITY设置为2，一直无法正常进行，不知道您跑出来没有？ |
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gingaorb 发表于 2023-6-13 14:08 本来“某一个特定分子的HOMO和LUMO的能量”就不是一个有严格定义的概念。只有正则轨道才能叫做HOMO、LUMO，而正则轨道必定是或多或少有一些离域的，除非巧合否则不可能严格局域在体系的一个特定部分。即使作出轨道图发现轨道完全是局域在一个分子上，那也只是意味着这个轨道在其他分子上的分布小于作图的isovalue值，而不是这个轨道在其他分子上完全没有分布 |
wzkchem5 发表于 2023-6-13 01:20 哇！您这么一说我就明白了！太感谢您了！ 那最后还想请问一下您，那是不是意味着我用CP2K的话，就没有办法求这个体系当中某一个特定分子的HOMO和LUMO的能量了呢？ |
本帖最后由 wzkchem5 于 2023-6-13 14:17 编辑 gingaorb 发表于 2023-6-12 16:09 首先，没有“HOMO值”这种说法。HOMO是一个轨道，不是一个数字，只有它的轨道能才是一个值。 你这样得到的HOMO、LUMO是整个体系的HOMO、LUMO。但是由化学常识易知其中beta LUMO主要定域在OH自由基上（但在附近水分子上也有少量离域），alpha HOMO可能也是主要在OH自由基上的，但是我不确定 |
sobereva 发表于 2023-5-3 18:11 站长大大，我有点想不明白，如果我这个体系中就只有羟基自由基这一个分子，那我确实可以通过在CP2K中设置参数： &MO_CUBES NLUMO 1 NHOMO 1 &EACH MD 1 &END &END 来得到羟基自由基这一个分子的HOMO和LUMO值，但现在我体系里有191个水分子，然后在水面上放上了这样一个羟基自由基分子，那我通过同样的参数设置得到的还是我想要的羟基自由基分子的HOMO和LUMO值吗？其它191个水分子的分子轨道不会产生干扰吗？还是说我得到的其实是这一个羟基自由基分子和191个水分子的分子轨道混合在一起的一个HOMO和LUMO值呢？o(╥﹏╥)o |
gingaorb 发表于 2023-5-2 17:22 要求程序输出轨道能量的步数间隔和保存坐标相同，然后你就有了(轨道能量,坐标)数据，对应图上的数据点 |
gingaorb 发表于 2023-5-2 17:22 类似的，在CP2K中是不是可以做OH或HOO·分子从气相转移到液相中的自由能曲线变化图呢？这个计算在CP2K中具体的参数和操作方法是什么呢？~o(╥﹏╥)o |
gingaorb 发表于 2023-4-28 23:03 是 |
本帖最后由 gingaorb 于 2023-4-28 23:06 编辑 sobereva 发表于 2023-4-28 11:44 请问站长大大，意思是不是说，我把一个OH或一个HOO·放到我已经跑平衡的水slab上合适的位置，比如距离水面大概5埃，然后设置整体的CHARGE关键词为0，设置整体的MUTIPLICITY关键词为2，然后做结构优化，然后跑AIMD，然后体系自己通过计算会判断，把自旋密度放到OH或HOO·上？请问是这样操作嘛~ |
| CP2K支持约束性DFT，倘若非要严格把单电子定域在自由基部分可以用这个功能。但对于实际目的来说未必有什么意义，而且会极大增加计算耗时。用这个之前先去考察常规做计算得到的自旋密度是怎么分布的，没必要用约束性DFT就别用。 |
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