请问计算MMPB(GB)SA的结果中，为什么THR侧链会有静电力贡献？

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发布时间: 2023-4-29 13:26

本帖最后由 lauowan 于 2023-4-29 13:31 编辑请问各位老师，我在用amber运行了100ns的动力学模拟之后，选择了比较平稳的1000帧（间隔10）用MMPB/(GB)SA计算结合能，将贡献 < -3 kcal / mol 的项提取出来，发现 ...

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lauowan 发表于 Post on 2023-4-29 15:41:44

k64_cc 发表于 2023-4-29 14:00
你看这问的都是啥呀……

侧链每个原子的电荷是0吗？不是的话为什么不能有静电力贡献？

抱歉老师，我的化学学的很糟糕，搞混了离子相互作用和静电相互作用。但是静电相互作用是极性分子的偶极之间的相互作用，如ALA侧链这样的非极性侧链，为什么也有静电相互作用呢？

k64_cc 发表于 Post on 2023-4-29 14:00:49

你看这问的都是啥呀……

侧链每个原子的电荷是0吗？不是的话为什么不能有静电力贡献？

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