运行grompp时候提示原子间距离过大的错误

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发布时间: 2023-4-29 15:24

想请教下大家，最近我在使用GROMACS2023做完能量最小化之后，准备运行grompp跑一个100fs的MD，但是出现以下这个错误，想请教下这个错误的来源是什么，请问修正的方法的是什么呀？谢谢 The largest distance between ...

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tianfu1899 发表于 Post on 2024-1-4 23:15:20

ShineZhu 发表于 2023-11-29 16:09
没有

你好，解决了吗？

ShineZhu 发表于 Post on 2023-11-29 16:09:39

hanlu 发表于 2023-11-3 11:13
你好，麻烦问一下你这个问题最后解决了没？

没有

hanlu 发表于 Post on 2023-11-3 11:13:06

你好，麻烦问一下你这个问题最后解决了没？

Krg-frank 发表于 Post on 2023-10-22 19:26:12

本帖最后由 Krg-frank 于 2023-10-22 19:27 编辑

ldx022 发表于 2023-10-21 14:29
难道问题不是因为gromacs的版本太高的原因导致的嘛。。。我的2022.6版本也有这个问题但是2019版本就没有这 ...

ldx022 发表于 Post on 2023-10-21 14:29:51

难道问题不是因为gromacs的版本太高的原因导致的嘛。。。我的2022.6版本也有这个问题但是2019版本就没有这个问题

liu19950830 发表于 Post on 2023-9-22 13:49:21

liu19950830 发表于 2023-9-19 15:59
请问您的问题解决了吗？我也是遇到一样的问题

已解决，生成拓扑不合理

liu19950830 发表于 Post on 2023-9-19 15:59:22

ShineZhu 发表于 2023-4-30 08:53
对的老师我知道，因为我用您给的amber14SB他会报一个二面角的错误，我没有搞定所有想先换一个力场看是不 ...

请问您的问题解决了吗？我也是遇到一样的问题

ShineZhu 发表于 Post on 2023-4-30 08:53:19

本帖最后由 ShineZhu 于 2023-4-30 08:54 编辑

sobereva 发表于 2023-4-30 02:35
我的培训里从来没推荐用amber03力场，如今此力场根本没有任何使用价值
诸如NADP那些拓扑文件哪来的也不说
...

对的老师我知道，因为我用您给的amber14SB他会报一个二面角的错误，我没有搞定所有想先换一个力场看是不是那个错误就没有了。然后NADP的拓扑是用sobtop产生的。好的，我先去跑以下例子。我以为照着例子跑自己解析的结构应该问题的不大的。谢谢老师的解惑。

sobereva 发表于 Post on 2023-4-30 02:35:27

我的培训里从来没推荐用amber03力场，如今此力场根本没有任何使用价值
诸如NADP那些拓扑文件哪来的也不说

北京科音分子动力学与GROMACS培训班里明确给了完整的蛋白质-配体复合物的例子还给了详细说明，先把那个例子从头到尾完整跑一遍确搞清楚流程

牧生 发表于 Post on 2023-4-29 16:24:04

首先让我吃惊的是 100fs

第二，99.999%的概率是top不对

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