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gaussian和MOKIT联用脚本几何优化失败(已解决,脚本可自取)

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发布时间: 2023-5-1 00:55

正文摘要:

本帖最后由 shenzp 于 2025-6-11 13:12 编辑 后来莫名发现对于NO分子,数值梯度也可以做了,不知道是不是在无意识的时候改了一下脚本(x)。不过对于较大的体系会很吃力,gaussian的数值梯度感觉也不是特别好用,( ...

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shenzp 发表于 Post on 2025-6-25 18:30:50
Hamilton1758 发表于 2025-6-24 20:02
1. 谢谢回复,问题已经解决了,原因是:输出文件没有正确读取并写入梯度。2. 我有一个不成熟的想法,既然 ...

可以的,只要搞懂脚本流程,改一下应该不太难
Hamilton1758 发表于 Post on 2025-6-24 20:02:22
shenzp 发表于 2025-6-4 21:27
你可以查看tmp目录下AUTOMR.out及其它输出文件来排查错误。我目前能找到的错误:1.添加背景电荷时,molpr ...

1. 谢谢回复,问题已经解决了,原因是:输出文件没有正确读取并写入梯度。2. 我有一个不成熟的想法,既然mokit计算也会首先构造UHF波函数,那么是否可以在代码以及配置文件中去掉gaussian构造UHF波函数的部分。
shenzp 发表于 Post on 2025-6-11 11:06:34
zjxitcc 发表于 2025-6-11 10:51
Molpro没有NEVPT2解析导数,它自动改用数值导数计算,但Molpro也不支持有背景电荷下的NEVPT2数值导数,所 ...

感谢大佬解答!
zjxitcc 发表于 Post on 2025-6-11 10:51:02
shenzp 发表于 2025-6-11 10:24
不好意思,我当时的表达没说清楚。我的脚本会在molpro算完nevpt2单点以后,往molpro输入文件最后加入forc ...

Molpro没有NEVPT2解析导数,它自动改用数值导数计算,但Molpro也不支持有背景电荷下的NEVPT2数值导数,所以Molpro报错了。
shenzp 发表于 Post on 2025-6-11 10:24:53
zjxitcc 发表于 2025-6-6 18:57
“添加背景电荷时,molpro会报错”是啥意思?有具体例子吗?我试了下有背景点电荷时,CASSCF_prog=Molpro ...

不好意思,我当时的表达没说清楚。我的脚本会在molpro算完nevpt2单点以后,往molpro输入文件最后加入force关键词,再调用molpro进行计算。在有背景电荷的情况下,这个梯度计算会报错
  1. Computing numerical gradient using default procedure for command NEVPT2

  2. *** Long output written to logfile /szp/soft/scripts/gm/test2/tmp/UHF_uno2CASSCF_NEVPT2.log ***


  3. Running default procedure: CASSCF000  NEVPT2
  4. ? Error
  5. ? Numerical calculation of lattice gradient impossible
  6. ? The problem occurs in driver(forces)

  7. GLOBAL ERROR fehler on processor   0                                         
复制代码
zjxitcc 发表于 Post on 2025-6-6 19:01:18
本帖最后由 zjxitcc 于 2025-6-6 19:03 编辑
shenzp 发表于 2023-5-3 14:16
1. 后来发现数值梯度又行了(但是我印象中没改脚本),保险起见,附件中的脚本又更新了一下,同时加入了N ...

关于第3点,MOKIT支持调用量化软件计算CASSCF,MC-PDFT或CASPT2解析梯度,例如gjf文件中写
  1. #p CASPT2/def2TZVP

  2. mokit{force}

  3. 电荷 自旋多重度
  4. 坐标
复制代码
输出文件里就是CASPT2梯度。CASPT2_prog可以是Molpro或OpenMolcas。目前没有可获取的量化软件支持NEVPT2解析梯度,故而MOKIT也无法输出NEVPT2梯度。
zjxitcc 发表于 Post on 2025-6-6 18:57:30
shenzp 发表于 2025-6-4 21:27
你可以查看tmp目录下AUTOMR.out及其它输出文件来排查错误。我目前能找到的错误:1.添加背景电荷时,molpr ...

“添加背景电荷时,molpro会报错”是啥意思?有具体例子吗?我试了下有背景点电荷时,CASSCF_prog=Molpro是正常计算的。如果用户在gjf文件里没写charge,那么产生的Molpro输入文件(.com)中也不会有背景点电荷相关的关键词。
shenzp 发表于 Post on 2025-6-4 21:27:05
本帖最后由 shenzp 于 2025-6-11 11:07 编辑
Hamilton1758 发表于 2025-5-29 19:25
casscf计算算例的时候总会报错PGFIO-F-217/formatted read/unit=31/attempt to read past end of file.什么 ...

你可以查看tmp目录下AUTOMR.out及其它输出文件来排查错误。我目前能找到的错误:1.添加背景电荷时,molpro会报错(molpro无法计算带有背景电荷的NEVPT2数值导数,见下面邹神的回复)。一般不需要背景电荷,去掉相应关键词。2.cas(5,5)时,生成的molpro输入文件有误(closed和occ的值都是错的),cas(3,3)可以正确计算。第二个bug在最新版MOKIT里会出现,我用机子里1.2.6rc38版本的MOKIT(2024-Aug-30)不会出现。
Hamilton1758 发表于 Post on 2025-5-29 19:25:24
casscf计算算例的时候总会报错PGFIO-F-217/formatted read/unit=31/attempt to read past end of file.什么原因呢
mizu-bai 发表于 Post on 2023-5-4 10:40:24
gmm.py 这随便糊的玩意居然还有人能在上面二次开发,真的没想到
以及以前确实想过改改接 automr,出于懒一直没写
shenzp 发表于 Post on 2023-5-3 14:16:17
本帖最后由 shenzp 于 2023-5-3 14:18 编辑
wang7344412 发表于 2023-5-3 12:10
谢谢楼主,我还有几个问题想问一下。Q1:NEVPT2的结构优化实现了么?Q2:CASSCF 由于缺乏动态相关,结构优 ...

1. 后来发现数值梯度又行了(但是我印象中没改脚本),保险起见,附件中的脚本又更新了一下,同时加入了NEVPT2数值梯度的例子。不过目前只测试了NO,更复杂的体系应该也可以,但是会很昂贵,而且gaussian的数值梯度的变量个数是有上限的。
2. 具体差多少我也不好说,可以看看相关的benchmark,应该也和体系有关。如果体系不大,计算资源又比较充足的话,肯定用NEVPT2好(主要是体系稍大的话NEVPT2就根本算不动,用CASSCF优化也是无奈之举)。关于计算级别的选择的讨论可以参考MOKIT手册https://jeanwsr.gitlab.io/mokit-doc-mdbook/chap3_quick.html
3. 如果用MOKIT调用的话,即使用了NEVPT2和force,算的也是CASSCF的梯度。支持NEVPT2解析梯度的程序我不了解,这方面还是建议咨询邹神
4. 只是测试的时候这样写了,让程序自己确定也是完全可以的。
wang7344412 发表于 Post on 2023-5-3 12:10:40
本帖最后由 wang7344412 于 2023-5-3 12:27 编辑

谢谢楼主,我还有几个问题想问一下。Q1:NEVPT2的结构优化实现了么?Q2:CASSCF 由于缺乏动态相关,结构优化结果与NEVPT2相比误差大么?Q3:Pyscf 2.1.1 是不是已经支持NEVPT2的解析梯度了?还有其他软件支持吗?Q4:Mokit 不是会自动寻找合适的活性空间么,这里还需要手动确定活性空间么?

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