求助，用gromacs做刚果红的分子动力学模拟，vmd查看时发现结构断开，请问如何解决？

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发布时间: 2023-5-3 16:45

本帖最后由 taaaaay 于 2023-5-3 16:43 编辑各位老师好，我最近在做一个刚果红的分子动力学模拟，探究过程中构型的变化。我用sobtop得到了gromacs所需的top文件，在能量最小化之后，进行了nvt模拟，用vmd发 ...

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sobereva 发表于 Post on 2023-5-3 17:59:58

连原子电荷都没添加进sobtop产生的itp里，计算毫无意义
认真阅读sobtop教程里的文字http://sobereva.com/soft/Sobtop，这些关键要点都说得明明白白

参与人数 Participants 1	eV +2	收起理由 Reason
lyj714	+ 2	建议默认电荷字符串代替，强制用户考虑电荷.

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