Gromacs模拟计算分子振动谱需不需要基于力场乘以相应的频率校正

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发布时间: 2023-5-4 15:29

众所周知，利用量子化学方法如Gaussian计算分子的红外光谱，需要根据泛函和基组的选择来对频率乘一个系数来进行频率校正。同时，分子动力学方法也可以计算模拟体系中分子的振动谱，得到强 ...

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sobereva 发表于 Post on 2023-5-12 01:12:51

uenh1998 发表于 2023-5-11 13:58
嗯我明白了，感谢社长。顺便问下社长，TIP3P与AMBER结合良好描述蛋白的性质这个是在哪篇文章里提的。求社 ...

AMBER19SB原文里有测试

uenh1998 发表于 Post on 2023-5-11 13:58:51

sobereva 发表于 2023-5-11 12:37
如果其它因素都排出了，那就只可能是这个带来的了

嗯我明白了，感谢社长。顺便问下社长，TIP3P与AMBER结合良好描述蛋白的性质这个是在哪篇文章里提的。求社长分享一下

sobereva 发表于 Post on 2023-5-11 12:37:54

uenh1998 发表于 2023-5-11 11:23
感谢老师的回复，我也按文章条件计算了SPC/E水模型的光谱，符合较好，请问社长是水模型自身的原因，导致T ...

如果其它因素都排出了，那就只可能是这个带来的了

uenh1998 发表于 Post on 2023-5-11 11:23:40

sobereva 发表于 2023-5-6 20:33
弄成和文献的条件完全一样再说

感谢老师的回复，我也按文章条件计算了SPC/E水模型的光谱，符合较好，请问社长是水模型自身的原因，导致TIP3P模型对重现水的光谱性质较差吗。

uenh1998 发表于 Post on 2023-5-11 11:22:30

喵星大佬发表于 2023-5-7 16:16
一个最基本的问题，你先把H的键长约束放掉并且减少步长

这个计算已经去掉了，水用DFLEXIBIE柔性水，hbonds=none 步长1飞秒

喵星大佬 发表于 Post on 2023-5-7 16:16:06

一个最基本的问题，你先把H的键长约束放掉并且减少步长

sobereva 发表于 Post on 2023-5-6 20:33:06

uenh1998 发表于 2023-5-6 08:12
CHARMM36力场 SPC/E水模型

弄成和文献的条件完全一样再说

uenh1998 发表于 Post on 2023-5-6 08:12:02

sobereva 发表于 2023-5-5 22:23
看文献里用的什么水模型

CHARMM36力场 SPC/E水模型

sobereva 发表于 Post on 2023-5-5 22:23:44

uenh1998 发表于 2023-5-5 08:21
模型是AMBER14SBOL15的TIP3P水模型，计算方法是基于分子偶极矩自相关函数。

看文献里用的什么水模型

wzkchem5 发表于 Post on 2023-5-4 20:44:57

uenh1998 发表于 2023-5-4 11:04
感谢老师，我之前算水盒子的光谱时候老是跟实验对不上，力场AMBER14OL15+TIP3P水，看了一篇文章 ...

你算出来的光谱是什么样子的？

uenh1998 发表于 Post on 2023-5-4 18:01:02

goldNAN 发表于 2023-5-4 15:53
应该不能直接校正参见文章 J. Chem. Theory Comput. 2020, 16, 3307−3315

感谢指导，我看一看

sobereva 发表于 Post on 2023-5-4 16:43:57

没有现成的系数可用。如果你有实验谱，为便于和实验谱对照的可以取一个合适的系数去凑实验

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