轨迹动画主体的两条链分离且离开了盒子要如何解决

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发布时间: 2023-5-4 16:34

本帖最后由 sd6512066 于 2023-5-6 09:43 编辑我得到的tpr、xtc文件后对其进行了-pbc whole, -pbc nojump, -pbc mol -ur compact -center, -fit rot+trans以上这些处理，但是得到的轨迹动 ...

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sd6512066 发表于 Post on 2023-5-4 17:46:13

本帖最后由 sd6512066 于 2023-5-6 09:48 编辑

sobereva 发表于 2023-5-4 16:49
用矩形盒子，免得把问题复杂化
盒子似乎偏小

感谢sob老师！我尝试重新跑了一次模拟，这次换成cubic盒子，但还是出现了上述的问题

sobereva 发表于 Post on 2023-5-4 16:49:33

用矩形盒子，免得把问题复杂化
盒子似乎偏小

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